Theo kết luận thanh tra số 608 KL-TTCP về trách nhiệm trách nhiệm của ĐHQG TP Hồ Chí Minh trong việc tự chủ, tự chịu trách nhiệm về bộ máy, quản lý tài chính và thực hiện các dự án giai đoạn 2013-2015, TTCP cho rằng các đơn vị thành viên của ĐHQG TP Hồ Chí Minh đã ban hành các văn bản quy định mức thu học phí đối với người học vượt mức quy định tại Nghị định 49/2010/NĐ-CP của Chính phủ. Bên cạnh đó đơn vị này cũng quy định một số khoản thu có tính chất phí, lệ phí ngoài danh mục quy định.
TTCP xác định, tổng số thu kinh phí, lệ phí ngoài danh mục quy định hơn 65 tỷ đồng; thu học phí cao hơn quy định hơn 16 tỷ đồng và tiền lãi gửi ngân hàng từ nguồn thu học phí hơn 280 triệu đồng. Cụ thể, Đại học Bách Khoa 12,9 tỷ đồng; Đại học Khoa học Tự nhiên 3,5 tỷ đồng; Đại học KHXH và Nhân văn 12,5 tỷ đồng; Đại học Quốc tế hơn 650 triệu đồng; Đại học Kinh tế - Luật 47,8 tỷ đồng; Đại học Công nghệ thông tin hơn 4 tỷ đồng.
Không chỉ thu sai quy định, trong giai đoạn 2013-2015, sau khi tiến hành thu học phí, Đại học Quốc tế chỉ nộp một phần vào Kho bạc nhà nước, còn một phần đem gửi ngân hàng lấy lãi (tổng số tiền học phí mà trường này đem gửi ngân hàng là 53 tỷ đồng và thu lãi 280 triệu đồng).
Về nguyên tắc, số tiền hơn 80 tỷ đồng thu sai quy định nêu trên phải được thu hồi về NSNN hoặc trả lại cho người nộp, tuy nhiên, TTCP cho rằng, năm 2014, khi thanh tra trách nhiệm của Bộ GDĐT và một số đơn vị trực thuộc cũng đã phát hiện ra các khoản thu vượt, thu ngoài quy định của các đơn vị, đã kiến nghị Thủ tướng không thu nộp ngân sách số tiền này. Do đó, lần này, TTCP cũng kiến nghị Thủ tướng xem xét không thu hồi nộp ngân sách số tiền thu vượt,thu ngoài quy định và cho phép các đơn vị được quyết toán các khoản thu nêu trên nếu sử dụng cho các hoạt động chuyên môn và đầu tư cơ sở vật chất.
Ngoài ra, đoàn thanh tra cũng xác định, năm 2013 – 2015, 6 đơn vị thành viên của ĐHQG TP Hồ Chí Minh đã chi vượt giờ cho giảng viên hơn 16 tỷ đồng. Về nguyên tắc, số tiền mà các đơn vị này đã chi vượt phải thu hồi, nộp NSNN. Nhưng cơ quan thanh tra thấy rằng số lượng giảng viên của trường còn ít, số lượng học sinh nhiều nên bắt buộc phải tăng số giờ giảng theo quy định; mặt khác tiền đã được chi trả hết cho giảng viên nên TTCP kiến nghị Thủ tướng xem xét không thu hồi.
Mặc dù kiến nghị không thu hồi số tiền thu sai quy định, song TTCP đã yêu cầu Đại học quốc gia TP Hồ Chí Minh kiểm điểm trách nhiệm đối với các đơn vị thành viên trong việc thu học phí và lệ phí không đúng quy định; chấm dứt tình trạng thu vượt học phí và lệ phí ngoài quy định. Bố trí giảng viên hợp lý, không để tình trạng giảng viên có giờ giảng vượt giờ (200 giờ); trích lập và sử dụng các quỹ đầy đủ theo quy định; chấm dứt việc gửi tiền thu học phí…
Như Tiền Phong đã đưa tin, quá trình thanh tra tại ĐHQG Hà Nội, TTCP cũng đã phát hiện một số trường trực thuộc thu ngoài quy định các khoản thu có tính chất phí, lệ phí như: Đại học Ngoại ngữ là 527 triệu đồng; Đại học Kinh tế 278 triệu đồng; Đại học Khoa học xã hội và nhân văn gần 350 triệu đồng; Đại học Công nghệ gần 200 triệu đồng.Tuy nhiên, TTCP cũng không kiến nghị xử lý kinh tế đối với các khoản thu sai quy định này.
Quá trình thanh tra tại ĐHQG TP Hồ Chí Minh, TTCP đã tiến hành thanh tra 25 gói thầu thuộc 6 dự án xây dựng cơ bản với tổng mức giá trị trúng thầu hơn 2.248 tỷ đồng và phát hiện tại một số gói thầu nghiệm thu khối lượng không chính xác, áp dụng không đúng định mức, thiết kế tính thừa khối lượng… dẫn đến giá trị chênh lệch giảm giữa kiểm tra và dự toán, thanh toán, quyết toán số tiền hơn 20 tỷ đồng.
