Công văn ngày Đà Nẵng cho hay trong khi Đà Nẵng đang giải quyết vụ việc của Vipico, đoàn Kiểm toán nhà nước (KTNN) thuộc KTNN khu vực III đã tiến hành kiểm toán ngân sách địa phương năm 2017 của TP và có ý kiến về vụ việc của Vipico. Tiếp đến, ngày 4/9/2018, Tổng KTNN ra Văn bản số 425 về việc gửi báo cáo kiểm toán cho HĐND, UBND thành phố Đà Nẵng.
Theo đó, KTNN cho rằng Vipico đã trúng đấu giá khu đất hơn 1,1 ha với tổng số tiền hơn 652 tỉ đồng. Vipico chậm nộp hơn 326 tỉ đồng tiền sử dụng đất, thuê đất đấu giá 52 ngày so với thông báo của cơ quan thuế nhưng thành phố chưa hủy kết quả đấu giá và thu hồi tiền đặt cọc nộp ngân sách TP theo Quyết định 1228, tháng 1-2015 của UBND thành phố Đà Nẵng và điểm d khoản 5 Điều 68 Nghị định số 43/2014. KTNN kết luận: Theo quy định tại khoản 1 Điều 72 Luật Đấu giá tài sản năm 2016, thời hạn thanh toán của người trúng đấu giá trong trường hợp đấu giá thành công đã được quy định tại phương án đấu giá và hợp đồng đấu giá quyền sử dụng đất. Do đó, người trúng đấu giá không nộp tiền sử dụng đất theo thỏa thuận thì thuộc trường hợp hủy kết quả đấu giá và thu tiền đặt cọc nộp ngân sách thành phố.
Ngày 5/10, UBND thành phố đã tổ chức cuộc họp với các sở, ngành liên quan về vụ việc của Vipico. Tại cuộc họp, sau khi thảo luận, trên cơ sở kết luận của KTNN, lãnh đạo UBND thành phố thống nhất hủy kết quả đấu giá, thu tiền đặt cọc nộp ngân sách đối với lô đất nêu trên. Đồng thời trả lại tiền sử dụng đất cùng tiền thuê đất đã nộp vào ngân sách cho Vipico
Tại công văn gửi Bộ Tư pháp, UBND TP Đà Nẵng cho hay TP này cũng hủy kết quả đấu giá với bảy trường hợp khác tương tự. Theo đó, sáu cá nhân và một tổ chức đã trúng đấu giá quyền sử dụng đất tại các phiên đấu giá do thành phố tổ chức nhưng chậm nộp tiền sử dụng đất, tiền thuê đất theo thông báo của cơ quan thuế. Tại cuộc họp ngày 5/10, UBND thành phố đã thống nhất hủy kết quả đấu giá đối với bảy trường hợp này.
Ngày 7/3/2016, UBND thành phố Đà Nẵng ban hành Quyết định 1228 phê duyệt phương án đấu giá khu đất A20 mặt tiền đường Võ Văn Kiệt, quận Sơn Trà. Tại phần 3, Mục III phương án đấu giá nêu: “Tổ chức, cá nhân trúng đấu giá quyền sử dụng đất có trách nhiệm nộp tiền theo đúng thời hạn ghi trên thông báo của cơ quan thuế. Quá thời hạn theo thông báo của cơ quan thuế (kể cả đợt nộp đầu tiên trong vòng 30 ngày kể từ ngày có thông báo của cơ quan thuế), tổ chức, cá nhân trúng đấu giá không nộp đủ tiền sử dụng đất theo quy định này thì Hủy kết quả đấu giá và thu hồi tiền cọc nộp ngân sách thành phố”. Tháng 6-2017, đại diện Vipico nộp phiếu đăng ký đấu giá và cam kết chấp nhận yêu cầu trên.
Tháng 7/2017, UBND thành phố Đà Nẵng ra quyết định công nhận đơn vị trúng đấu giá là Vipico. Tổng số tiền phải nộp là hơn 652 tỉ đồng và 500 triệu đồng lệ phí trước bạ. Tiếp đến, Cục Thuế TP ra thông báo thuế với thời hạn nộp tiền cho Vipico. Tuy nhiên, đơn vị này chỉ nộp 50% số tiền đúng thời hạn và xin gia hạn nộp phần còn lại trong vòng 90 ngày nhưng Cục Thuế TP Đà Nẵng không chấp thuận, yêu cầu phải nộp trong 60 ngày theo đúng cam kết. Đến ngày 9/2/2018, Vipico mới nộp đủ tiền vào ngân sách nhà nước, chậm 52 ngày.