Theo lời dẫn của tạp chí Marca, vào ngày 16/4/2014, Zarate đã mời một số đồng đội của mình đến nhà để dự tiệc, trong đó có tiền đạo Martin Benitez và bạn gái là Giuliana Peralta. Lúc cuộc vui gần kết thúc, cô gái Peralta xin phép đi nghỉ trước, sau đó Alexis Zarate bố trí người bạn Benitez ngủ ở một căn phòng khác. Vào khoảng 2h sáng, lúc Benitez say xỉn, Alexis Zarate đập cửa, mò vào phòng của Peralta để thực hiện hành vi giao cấu. Sự việc được báo lên các cơ quan chức năng và Alexis Zarate ngay lập tức bị cảnh sát bắt giữ với hành vi cưỡng hiếp phụ nữ.
Trong phiên xét xử sơ thẩm diễn ra ngày 16/8/2014, tức là 5 tháng sau xảy ra vụ việc, các công tố viên đã đưa ra mức án 12 năm tù đối với Alexis Zarate, tuy nhiên, luật sư biện hộ cho cầu thủ này đã tiết lộ một thông tin khá nhạy cảm, đó là giữa Zarate và Peralta dường như đã có hợp đồng “quan hệ tình dục”, không có chuyện hậu vệ của Atletico Independiente hiếp dâm như lời kể của cô gái. Điều này buộc Tòa án phải dừng xét xử để điều tra lại vụ án.
Và phải mất tới 3 năm, vụ án mới có kết luận chính thức khi các công tố viên khẳng định rằng không có bất kỳ “hợp đồng tình dục” nào được thỏa thuận. Như vậy, Alexis Zarate đã bị khép vào tội “cưỡng bức phụ nữ”, tuy nhiên, các luận sư của cầu thủ này cũng đã đưa ra được một số tình tiết giảm nhẹ giúp anh chỉ phải nhận mức án 7,5 năm tù giam.
