iPad Pro 9,7 inch là máy tính bảng đầu tiên của Apple được trang bị màn hình công nghệ TrueTone cho phép tự điều chỉnh độ sáng cũng như nhiệt độ màu so với môi trường xung quanh. Việc này giúp cho mắt người dùng cảm thấy thoải mái hơn vì khi đọc trên iPad sẽ giống như nhìn vào các trang giấy.
Màn hình của iPad Pro 12,9 inch chỉ có độ sáng 379 nit, quá thấp cho một máy tính bảng cao cấp. iPad Pro 9,7 inch đã được trang bị màn hình sáng hơn và bề mặt ít phản xạ, giúp dễ dàng sử dụng ngoài nắng. Bên cạnh đó, màn hình này còn được áp dụng công nghệ màu sắc vốn được sử dụng trong ngành công nghiệp điện ảnh giúp nó có gam màu rộng và độ bão hoà màu sắc tốt hơn.
iPad Pro 9,7 inch có thêm phiên bản bộ nhớ trong 32 GB với kết nối Wi-Fi + 4G LTE dành cho người dùng không cần nhiều dung lượng lưu trữ nhưng muốn có kết nối di động mọi lúc. Trong khi đó, để có kết nối 4G LTE trên iPad Pro 12,9 inch, người dùng sẽ phải mua phiên bản 128 GB. Ngoài ra, iPad 9,7 inch sử dụng công nghệ LTE Advance nhanh gấp đôi trên iPad Pro 12,9 inch.
iPad Pro 9,7 inch có thêm màu vàng hồng dành cho những người yêu thích màu sắc này kể từ khi Apple giới thiệu khi ra mắt iPhone 6S, trong khi iPad Pro 12,9 inch chỉ có ba màu là bạc, xám và vàng.
iPad Pro 9,7 inch có camera tốt hơn. Rất nhiều người thích chụp hình bằng máy tính bảng nên Apple đã đưa camera tốt nhất của mình lên iPad Pro 9,7 inch. Camera của iPad Pro 9,7 inch tương tự trên iPhone 6S với độ phân giải 12 megapixel, đèn flash True Tone, Focus Pixels, Live Photos, quay phim 4K và Slow Motion, còn camera trước là 5 megapixel. Trong khi đó, iPad Pro 12,9 inch chỉ có camera chính 8 megapixel và camera trước là 1,2 megapixel. Mặc dù nâng cấp này làm cho camera của iPad Pro 9,7 inch lồi lên giống như iPhone 6S, tuy nhiên, người dùng cũng không quan tâm đến việc này.
iPad Pro 9,7 inch có RAM ít hơn và CPU bị hạ xung nhịp. So với model 12,9 inch, iPad Pro 9,7 inch chỉ có 2 GB RAM thay vì 4 GB RAM và tốc độ CPU của phiên bản 9,7 inch cũng bị giảm xuống mặc dù không đáng kể.
iPad Pro 12,9 inch sử dụng kết nối USB 3.0 trong khi phiên bản 9,7 inch là 2.0. Với chuẩn kết nối USB 3.0, iPad Pro 12,9 inch có khả năng truyền dữ liệu nhanh hơn nhiều so với iPad Pro 9,7 inch, đặc biệt là khi chép các file dung lượng lớn như phim ảnh.
iPad Pro 9,7 inch sạc nhanh hơn. Do có kích thước nhỏ hơn nên pin của phiên bản 9,7 inch sẽ có dung lượng thấp hơn so với phiên bản 12,9 inch dù cả hai model có thời gian sử dụng tương đương nhau. Nhưng nhờ pin nhỏ hơn nên phiên bản 9,7 inch sẽ sạc nhanh hơn - đây là một lợi thế bởi iPad Pro 12,9 inch tốn hết 5 tiếng để được sạc đầy.