Trước đó, ngày 12/6 Cục Y tế dự phòng nhận được báo cáo của Trung tâm Y tế dự phòng tỉnh Cao Bằng về chùm ca bệnh và tử vong của 4 trẻ em tại xóm Lũng Khỉnh, xã Đa Thông, huyện Thông Nông, tỉnh Cao Bằng. Ngay sau khi nhận được thông tin, Bộ Y tế đã chỉ đạo Sở Y tế tỉnh Cao Bằng tổ chức cấp cứu, điều trị bệnh nhân, điều tra xác minh ổ dịch, lấy mẫu bệnh phẩm để xác định nguyên nhân gây bệnh.
Kết quả điều tra ban đầu cho thấy từ ngày 8- 12/6 tại xóm Lũng Khỉnh, xã Đa Thông, huyện Thông Nông, tỉnh Cao Bằng có chùm ca bệnh và tử vong của trẻ ở lứa tuổi từ 7-13 tuổi gồm 3 trẻ nhập Bệnh viện Đa khoa huyện Thông Nông ngày 12/6 với biểu hiện các triệu chứng: Mệt mỏi, đau đầu, đau quặn bụng, buồn nôn và nôn, co giật và 01 trẻ tử vong tại nhà ngày 9/6 trước khi nhập viện. Bệnh viện đa khoa huyện Thông Nông đã tổ chức điều trị tích cực và lấy mẫu bệnh phẩm gửi tới Viện Vệ sinh dịch tễ T.Ư.
Xóm Lũng Khỉnh, xã Đa Thông cách trung tâm huyện lỵ khoảng 10 Km. Giao thông đi lại khó khăn. Toàn xã có 23 thôn bản, 869 hộ gia đình, 4.075 nhân khẩu. Cơ cấu các dân tộc trên địa bàn xã gồm dân tộc H"Mông, Dao. Nghề nghiệp chủ yếu là dựa vào làm nương rẫy. Người dân còn nhiều hủ tục, tập quán lạc hậu.