Theo Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn (NN&PTNT), sông Ngũ Huyện Khê thuộc hệ thống thủy lợi Bắc Đuống là công trình mà việc khai thác và bảo vệ liên quan đến tỉnh Bắc Ninh và thành phố Hà Nội. Bộ NN&PTNT phân giao nhiệm vụ quản lý cho UBND tỉnh Bắc Ninh (tại Thông tư số 05/2018/TT-BNNPTNT ngày 15/5/2018 của Bộ NN&PTNT).
Bộ NN&PTNT cho rằng, qua công tác thanh tra, kiểm tra và phản ánh của địa phương cũng như các đơn vị truyền thông cho thấy việc quản lý, bảo vệ công trình thủy lợi Bắc Đuống còn một số tồn tại.
Cụ thể, nguồn nước trên sông Ngũ Huyện Khê đang bị ô nhiễm nghiêm trọng do nước thải chưa qua xử lý của các cơ sở sản xuất kinh doanh, nước thải sinh hoạt…; đặc biệt là các cơ sở sản xuất giấy thuộc cụm công nghiệp Phú Lâm (huyện Tiên Du) và cụm công nghiệp Phong Khê 1, Phong Khê 2 (thành phố Bắc Ninh).
Để bảo đảm việc chấp hành quy định của pháp luật về thủy lợi và pháp luật có liên quan, bảo vệ chất lượng nước trong công trình thủy lợi, Bộ NN&PTNT đề nghị UBND tỉnh Bắc Ninh chỉ đạo Sở NN&PTNT, các cơ quan liên quan của tỉnh kiểm tra, xử lý các tổ chức, cá nhân vi phạm phạm vi bảo vệ công trình thủy lợi trên địa bàn tỉnh.
Bộ đề nghị tỉnh Bắc Ninh yêu cầu các doanh nghiệp dừng ngay hoạt động xả thải chưa qua xử lý vào công trình thủy lợi Bắc Đuống. Cơ quan chức năng tỉnh Bắc Ninh rà soát tổ chức, cá nhân có hoạt động xả thải vào công trình thủy lợi Bắc Đuống và có biện pháp giải quyết dứt điểm tình trạng ô nhiễm nguồn nước sông Ngũ Huyện Khê, xử lý nghiêm vi phạm đối với tổ chức, các nhân liên quan do hoạt động xả nước thải không đúng quy định pháp luật vào hệ thống công trình thủy lợi.
Tỉnh Bắc Ninh cũng được đề nghị chỉ đạo các đơn vị chức năng tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra việc thực hiện pháp luật về thủy lợi trên địa bàn tỉnh. Kết quả thực hiện các nội dung trên, tỉnh Bắc Ninh báo cáo về Bộ NN&PTNT (qua Tổng cục Thủy lợi) trước ngày 5/3.
Trước đó, Tiền Phong có tuyến bài “Sông Cầu đang giãy chết: Vì đâu nên nỗi” phản ánh tình trạng ô nhiễm nước sông Cầu do xả thải từ nước sông Ngũ Huyện Khê bị ô nhiễm nghiêm trọng qua cống tiêu Đặng Xá, ảnh hưởng đến cuộc sống của hàng chục nghìn người dân của tỉnh Bắc Giang và Bắc Ninh sống ven sông Cầu. Ngày 5/12/2020, trong bài “Nước đen hôi thối đe dọa nhà máy nước sạch”, Tiền Phong tiếp tục thông tin người dân Bắc Giang kêu cứu trước việc nước sông Cầu chuyển màu đen, bốc mùi hôi thối.
Ngày 22/2, Bộ Tài nguyên và Môi trường cũng có văn bản yêu cầu UBND tỉnh Bắc Ninh giải quyết tình trạng ô nhiễm nguồn nước sông Cầu do hoạt động xả thải từ sông Ngũ Huyện Khê.