Kết luận về những sai phạm, khuyết điểm xảy ra tại cơ quan Thường trực Ban Chỉ đạo Tây Nam bộ giai đoạn 2011-2016, UBKT T.Ư nêu rõ: ông Nguyễn Phong Quang, nguyên Ủy viên Trung ương Đảng, nguyên Bí thư Đảng ủy, nguyên Phó Trưởng ban Thường trực, Thủ trưởng Cơ quan Thường trực Ban Chỉ đạo Tây Nam bộ, giai đoạn trên chịu trách nhiệm chính về những vi phạm, khuyết điểm của Đảng ủy và Cơ quan Thường trực Ban Chỉ đạo Tây Nam bộ giai đoạn 2011-2016.
Ông Quang cũng được xác định là đã vi phạm Quy chế làm việc, nguyên tắc tập trung dân chủ trong việc cho chủ trương và quyết định về công tác tổ chức, cán bộ; trực tiếp ký bổ nhiệm 32 trường hợp không bảo đảm nguyên tắc, quy trình, thủ tục và không đủ điều kiện, tiêu chuẩn, trong đó có trường hợp Vũ Minh Hoàng và Nguyễn Tiến Khoa.
Ông Quang cũng đã buông lỏng quản lý, thiếu trách nhiệm để cấp dưới làm trái các quy định về quản lý tài chính, tài sản; để ngoài sổ sách kế toán số tiền trên một trăm tỷ đồng; lập chứng từ khống để rút ngân sách nhà nước và tiền tài trợ, gây thất thoát nghiêm trọng tiền, tài sản của Nhà nước.Vi phạm trong việc chuyển giao hơn hai nghìn m2 đất của Cơ quan Ban Chỉ đạo cho Hội Bảo trợ bệnh nhân nghèo Tây Nam bộ.
Đặc biệt, ông Quang đã vi phạm quy định của Đảng trong việc tự nhận đề cử chức Chủ tịch Hội Bảo trợ bệnh nhân nghèo Tây Nam bộ. Lấy danh nghĩa Ban Chỉ đạo để vận động tài trợ cho Hội là không đúng chức năng, nhiệm vụ của Ban Chỉ đạo.
Ngoài ông Quang, UBKT T.Ư cũng kết luận, ông Nguyễn Quốc Việt, Bí thư Đảng ủy, Phó Trưởng Ban Chỉ đạo Tây Nam bộ cùng chịu trách nhiệm về những vi phạm, khuyết điểm của Đảng ủy và Cơ quan Thường trực Ban Chỉ đạo.
Ông Việt cũng đã trực tiếp ký 11 quyết định bổ nhiệm cán bộ lãnh đạo không bảo đảm nguyên tắc, quy trình, thủ tục và không đủ điều kiện, tiêu chuẩn. Đồng thời vi phạm các nguyên tắc, quy định của Đảng trong việc quyết định tiếp nhận và phân công nhiệm vụ cho một số đảng viên.
Theo UBKT T.Ư những vi phạm, khuyết điểm của ông Nguyễn Phong Quang, Nguyễn Quốc Việt và một số người khác trong Cơ quan Thường trực Ban Chỉ đạo Tây Nam bộ đã gây hậu quả rất nghiêm trọng, làm ảnh hưởng xấu đến uy tín của Đảng, của Ban Chỉ đạo, gây dư luận bức xúc trong cán bộ, đảng viên và nhân dân, đến mức phải xem xét thi hành kỷ luật đảng.
