Tiền thân của Văn Phòng Cơ quan CSĐT Bộ Công an là Cục chấp pháp, sau là Cục Điều tra xét hỏi (C16) rồi đổi tên thành Văn Phòng Cơ quan CSĐT (C44) Bộ Công an.
Trong suốt quá trình xây dựng, chiến đấu và trưởng thành, lực lượng Văn Phòng Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã khám phá nhiều vụ án đặc biệt nghiêm trọng, bắt giữ xử lý nhiều đối tượng nguy hiểm, thu giữ tài sản trả lại cho nhà nước và nhân dân. Qua đó, đơn vị đã nhận được nhiều Huân chương, Bằng khen, Cờ thi đua…, do Chủ tịch nước, Thủ tướng, Bộ Công an trao tặng.
Điển hình như giai đoạn 1951-1981, Cục chấp pháp đã khám phá vụ án Ngô San Trung và đồng bọn ở Tổng Cục lương thực tham ô tài sản XHCN; vụ Trương Việt Hùng, Phó Chủ nhiệm Văn phòng nông nghiệp thuộc Phủ Thủ tướng có hành vi giết vợ… Rồi đến các chuyên án lớn trong giai đoạn 1989-2004 như vụ: thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng do Thân Trung Hiếu, Thứ trưởng Bộ Lâm nghiệp cùng đồng bọn thực hiện; vụ cố ý làm trái tại Cục Dữ trữ quốc gia gây thiệt hại, thất thoát của nhà nước hơn 48 ngàn tấn thóc, gần 49 tỷ đồng.
Đáng chú ý, việc triệt phá thanh công băng nhóm hoạt động theo kiểu xã hội đen của Khánh Trắng vào năm 1996 và băng nhóm của Năm Cam vào năm 2001; vụ buôn lậu ở Hang Dơi, Lạng Sơn…
Vào tháng 4-2011, C44 phối hợp với các đơn vị nghiệp vụ của Bộ Công an khám phá vụ án chiếm đoạt tài sản cực lớn thông qua mạng viễn thông và internet do đối tượng Vương Huy Long cầm đầu.
Các đối tượng sử dụng công nghệ cao, ăn cắp thông tin thẻ tín dụng để mua hàng từ nước ngoài, chuyển về Việt Nam tiêu thụ. Đường dây này có rất nhiều đối tượng tham gia, ở cả trong nước và nước ngoài. Hiện vụ án vẫn đang tiếp tục được điều tra mở rộng.
