Lý do khiến Tuấn Anh bị loại khỏi đội tuyển Việt Nam thời điểm trên cũng vì chấn thương. HLV Hữu Thắng đã đợi tới phút cuối, nhưng rốt cuộc chấp nhận để Tuấn Anh ra ngoài chiến dịch AFF Cup 2016. Ông Thắng về sau thừa nhận, đây là một trong những lý do khiến đội tuyển Việt Nam thi đấu không thành công.
Phút 53 trận đấu với Hàn Quốc trong khuôn khổ Vòng loại U23 châu Á 2018 hôm 23/7, HLV Hữu Thắng rút Tuấn Anh khỏi sân, đưa Văn Khánh vào thay. Không ít người đã lo lắng dõi theo từng bước chân tiền vệ HAGL bước khỏi sân. Rất may mắn khi theo thông báo mới nhất từ BHL đội tuyển U22 Việt Nam, anh chỉ bị đau nhẹ, không ảnh hưởng tới việc chuẩn bị cho SEA Games 29.
Cùng với Lương Xuân Trường, Tuấn Anh được xác định sẽ là một trong 2 tiền vệ trung tâm của U22 Việt Nam tại SEA Games 29. Kỹ thuật tốt, tư duy chơi bóng thông minh, khả năng dứt điểm từ xa hoàn hảo, tiền vệ HAGL được đánh giá đặc biệt cao ở khả năng phát động tấn công. Anh được chờ đợi sẽ hợp với Xuân Trường tạo thành bộ đôi tiền vệ gánh vác tuyến giữa cho U22 Việt Nam.
Tuy nhiên, hạn chế về thể lực khiến cho Tuấn Anh và Xuân Trường thường thua thiệt trong các tình huống tranh chấp tay đôi, hoặc cần đến sự va chạm khi đối đầu những đối thủ chơi thiên về sức mạnh. Trong khi đó tại SEA Games 29, lịch thi đấu của U22 Việt Nam khá dày, với tần suất khoảng 2 ngày/trận. Với xu hướng thích dùng cả hai trên sân, HLV Hữu Thắng có thể bị rơi vào thái cực tiêu cực, là lạm dụng quá nhiều sức lực của Tuấn Anh-Xuân Trường, trong những trận đấu không cần thiết.
Một vấn đề khác đáng lưu tâm, là theo lịch thi đấu ở SEA Games 29, U22 Việt Nam sẽ lần lượt gặp Timor Leste, Campuchia là hai đối thủ được đánh giá khá nhẹ, rồi tới các đối thủ mạnh khác như Thái Lan, Indonesia, Philippines. Mặt thuận lợi của lịch thi đấu trên là U22 Việt Nam dễ giành được 6 điểm đầu tiên, tạo đà tâm lý thuận lợi cho các trận tiếp theo. Nhưng mặt khác, thầy trò HLV Hữu Thắng có khả năng phải căng sức tới trận cuối, bởi kết quả 2 trận đầu tiên chưa đủ đảm bảo cho việc giành vé.
Với cả hai vấn đề trên, Xuân Trường và đặc biệt là Tuấn Anh dễ có khả năng bị quá tải, nếu không được sử dụng một cách hợp lý. Thêm vào đấy, thực tế diễn biến trận đấu với Hàn Quốc hôm 23/7 cũng cho thấy, nếu HLV Hữu Thắng không có phương án hỗ trợ phòng ngự cần thiết, U22 Việt Nam sẽ mất cân bằng giữa phòng ngự và tấn công. Cả 4 tiền vệ được ông Thắng sử dụng ở đội hình xuất phát trận gặp Hàn Quốc (cùng với Tuấn Anh, Xuân Trường là Quang Hải và Văn Toàn) đều có xu hướng chơi tấn công, không có sở trường hỗ trợ phòng ngự.
Sau khi HLV Hữu Thắng rút Tuấn Anh rời sân, đưa Văn Khánh thay thế kết hợp với đẩy Duy Mạnh lên vị trí đánh chặn quen thuộc, thế trận của U22 Việt Nam đã trở nên khởi sắc hơn.
Không phải phủ nhận Tuấn Anh-Xuân Trường đang là những tiền vệ tài hoa nhất của bóng đá Việt Nam. Tuy nhiên, sử dụng cả hai như thế nào cho hợp lý, phát huy được hiệu quả cao nhất lại là vấn đề hoàn toàn khác. Chiến dịch tranh đoạt HCV tại SEA Games 29 diễn ra khá dài, đòi hỏi HLV Hữu Thắng cần có những phép tính chu toàn.