Ngoài cựu Bộ trưởng GTVT Đinh La Thăng, vụ án còn 19 bị cáo khác trong đó có ông Nguyễn Hồng Trường (cựu Thứ trưởng Bộ Giao thông vận tải), Đinh Ngọc Hệ (tức Út ‘trọc’, cựu Phó Tổng giám đốc Tổng Cty Thái Sơn).
Cựu Bộ trưởng Đinh La Thăng có 6 luật sư bào chữa; Cựu thứ trưởng Nguyễn Hồng Trường có 2 luật sư bào chữa; 5 luật sư thuộc Đoàn luật sư TPHCM là Nguyễn Thị Huyền Trang, Lê Thị Bích Chi, Phạm Thành Luân, Đặng Thị Thanh Xuân và Lê Hồng Nguyên bào chữa cho ông Út ‘trọc’.
Cựu Bộ trưởng Đinh La Thăng. Theo cáo trạng, tháng 2/2012, sau khi Thủ tướng có văn bản đồng ý chủ trương cho bán quyền thu phí, ông Đinh La Thăng đã điện thoại chỉ đạo Dương Tuấn Minh (nguyên Tổng giám đốc Tổng Cty Đầu tư phát triển và quản lý dự án hạ tầng giao thông Cửu Long) để Công ty của ông Đinh Ngọc Hệ mua được quyền thu phí.
Quá trình tổ chức đấu giá, ông Thăng ký quyết định về việc thành lập Hội đồng bán đấu giá quyền thu phí và Tổ thường trực giúp việc Hội đồng, giao Thứ trưởng Nguyễn Hồng Trường làm Chủ tịch. Ông Thăng biết việc bán đấu giá không thực hiện đúng quy định của pháp luật nhưng vẫn để cho Cty Yên Khánh của ông Hệ trúng thầu.
Ngoài ra, ông Thăng còn bút phê đề xuất để Cty Yên Khánh làm nhà đầu tư xây dựng bổ sung hai nút giao thông trên tuyến nối Tân Tạo - Chợ Đệm và đề nghị cho công ty này cấn trừ vào tiền phải thanh toán theo hợp đồng mua quyền thu phí dẫn đến việc doanh nghiệp tiếp tục không thanh toán đúng theo quy định.
Hành vi sai phạm của ông Thăng đã giúp Út 'trọc' chiếm đoạt, hưởng lợi tổng cộng 725 tỷ đồng của Nhà nước.
Cao tốc TPHCM - Trung Lương. Ảnh: Đ.Q Theo cáo trạng, lúc xảy ra vụ án Thứ trưởng Nguyễn Văn Thể (nay là Bộ trưởng GTVT) có một phần trách nhiệm nhưng HĐXX không triệu tập ông Thể tới toà mà triệu tập đại diện Bộ GTVT vì xác định bộ này là bị hại.
Cụ thể, ngày 30/12/2013, Dương Tuấn Minh (Tổng giám Tổng Cty Cửu Long) và Vũ Thị Hoan (Giám đốc Cty Yên Khánh) ký hợp đồng mua bán quyền thu phí trong thời hạn 5 năm với số tiền trên 2.000 tỷ đồng; giá trị đảm bảo thực hiện hợp đồng (5%) trên 100 tỷ đồng. Hợp đồng gồm 16 điều khoản, nội dung theo hợp đồng mẫu và các bản thương thảo hợp đồng đã được Bộ GTVT phê duyệt.
Theo hợp đồng, Cty Yên Khánh thanh toán 3 đợt trong vòng 10 tháng. Tuy nhiên ngay từ lần thanh toán đầu tiên, Cty Yên Khánh đã thực hiện không đúng quy định và tiếp tục vi phạm thời hạn thanh toán. Khi đó, Tổng Cty Cửu Long đã có nhiều văn bản báo cáo xin ý kiến chỉ đạo giải quyết của Bộ GTVT.
Ngày 19/6/2015 Cty Yên Khánh vẫn không thực hiện theo cam kết nên Dương Thị Trâm Anh (phó Tổng giám đốc Tổng Cty Cửu Long) ký Văn bản số 2270/CIPM-QLXD gửi Bộ GTVT đề xuất kiến nghị Bộ GTVT xem xét quyết định việc chấm dứt hợp đồng và tịch thu bảo lãnh thực hiện hợp đồng.
Nhận được báo cáo này, ngày 22/6/2015, Nguyễn Chí Thành, quyền Vụ trưởng Vũ Tài chính (Bộ GTVT) soạn tờ trình để ông Nguyễn Văn Thể - Thứ trưởng Bộ GTVT ký gửi ông Đinh La Thăng có nội dung: Dù Bộ GTVT đã có nhiều văn bản chỉ đạo Tổng Cty Cửu Long giải thích đôn đốc Cty Yên Khánh thực hiện thanh toán theo hợp đồng nhưng Cty Yên Khánh vẫn chưa thực hiện thanh toán số tiền còn lại theo hợp đồng là trên 902 tỷ đồng. Văn bản của Thứ trưởng Nguyễn Văn Thể gửi Bộ trưởng Đinh La Thăng cũng nêu rằng, có đủ cơ sở xem xét chấm dứt hợp đồng đối với Cty Yên Khánh.
Ngày 23/6/2015, ông Đinh La Thăng ghi ý kiến chỉ đạo phía trên, góc trái tờ trình co nội dung: “Đề nghị anh Thể chỉ đạo giải quyết theo đúng hợp đồng hai bên đã ký và đúng quy định của pháp luật. Tuy nhiên cũng cần phải làm rõ trách nhiệm của nhà đầu tư và các cơ quan quản lý nhà nước Tổng Cty Cửu Long”.
Ông Nguyễn Văn Thể ghi ý kiến chỉ đạo tiếp theo phía dưới bút phê của ông Đinh La Thăng: "Gấp. Yêu cầu Tổng Cty Cửu Long, Vụ tài chính pháp chế... làm việc với Cty Yên Khánh thảo luận từng vấn đề cụ thể, có kết luận rõ ràng, dứt khoát chậm nhất 30/6 làm rõ toàn bộ các vấn đề có liên quan theo chỉ đạo của Bộ trưởng. Riêng đóng tiền: Phải nộp thêm 500 tỷ đồng theo cam kết trong tháng 6/2015”.
Tuy nhiên, Cty Yên Khánh vẫn không được tiền theo đúng thời hạn cam kết. Vì vậy ông Nguyễn Văn Thể ký tiếp các văn bản 11594/BGTVT-TC, 3438/BGTVT-TC yêu cầu Tổng Cty Cửu Long làm việc với Cty Yên Khánh để yêu cầu thực hiện nộp đầy đủ số tiền mua quyền thu phí theo đúng quy định và cam kết.
Hơn 1 tháng sau khi ký văn bản 3438/BGTVT-TC, tháng 10/2015 ông Nguyễn Văn Thể được điều động nhận nhiệm vụ mới tại tỉnh Sóc Trăng.
Về tội danh “Vi phạm quy định về sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát lãng phí” các bị can bị truy tố gồm: Bị cáo Đinh La Thăng, Nguyễn Hồng Trường, Nguyễn Chí Thành (cựu quyền Vụ trưởng vụ tài chính, Bộ GTVT), Dương Tuấn Minh (cựu Tổng Giám đốc Tổng Cty Cửu Long), Dương Thị Trâm Anh (cựu Phó Tổng giám đốc Tổng Cty Cửu Long), Nguyễn Thu Trang (cựu Phó phòng đầu tư Tổng Cty Cửu Long).
Ông Đinh Ngọc Hệ. Tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản” gồm: Đinh Ngọc Hệ, Phạm Văn Việt (Tổng Giám đốc điều hành Cty Đức Bình), Tô Phước Hùng (kế toán trưởng Cty Yên Khánh), Vũ Thị Hoan (Giám đốc Cty Yên Khánh), Phạm Tấn Hoàng (Phó phòng kế toán Cty Yên Khánh), Ngô Bá Thắng (Giám đốc Cty Yên Khánh Chi nhánh Long An), Trần Văn Miền (Phó giám đốc Cty Yên Khánh Chi nhánh Long An), Nguyễn Thị Kim Huệ (kế toán viên Cty Yên Khánh), Đinh Thị Chung (kế toán viên Cty Yên Khánh), Tạ Đức Minh (thủ quỹ Cty Yên Khánh), Lê Thị Những (nhân viên Cty CP Tập Đoàn Đức Bình), Nguyễn Xuân Hiền (Giám đốc Cty Xuân Phi) và Hoàng Tô Hạnh Vân (Phó Giám đốc Cty Xuân Phi).
Ông Đinh Ngọc Hệ còn bị truy tố thêm tội danh “Lợi dụng chức vụ quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi”.
Cựu thứ trưởng Nguyễn Hồng Trường. 
