Đa số đại biểu nhất trí với phạm vi điều chỉnh của dự thảo Luật chỉ điều chỉnh hoạt động cơ yếu là hoạt động cơ mật đặc biệt, thuộc lĩnh vực an ninh quốc gia với đặc trưng là sử dụng mật mã để bảo vệ thông tin bí mật nhà nước. Vì vậy, cần xác định Ban Cơ yếu Chính phủ là cơ quan mật mã quốc gia có chức năng quản lý chuyên ngành về cơ yếu đối với các hệ thống tổ chức cơ yếu Quân đội nhân dân, Công an nhân dân, Ngoại giao, tổ chức cơ yếu trong cơ quan Đảng, Nhà nước ở Trung ương và địa phương.
Nhiều đại biểu nhận định, Ban cơ yếu Chính phủ trực thuộc Bộ Nội vụ như hiện nay là không hợp lý, không phù hợp với tính chất, nhiệm vụ của ngành cơ yếu là ngành cơ mật đặc biệt và đề nghị chuyển Ban cơ yếu Chính phủ về trực thuộc Bộ Quốc phòng.
Đại biểu Nguyễn Minh Kha (Cần Thơ) và đại biểu Đinh Xuân Thảo (Hà Nội) và một số đại biểu cho rằng, Ban Cơ yếu Chính phủ đã có thời gian dài là cơ quan thuộc Trung ương Đảng, do Quân ủy Trung ương trực tiếp chỉ đạo. Bộ Quốc phòng có bề dày kinh nghiệm quản lý, sử dụng lực lượng cơ yếu và thực tiễn hiện nay số lượng người làm công tác cơ yếu trong hệ thống cơ yếu Quân đội nhân dân chiếm tỷ lệ cao. Vì vậy, nên chuyển Ban Cơ yếu Chính phủ từ Bộ Nội vụ sang Bộ Quốc phòng và vẫn giữ nguyên tên gọi, cơ cấu tổ chức, chức năng nhiệm vụ, quyền hạn của Ban Cơ yếu Chính phủ như hiện nay. Đại biểu Nguyễn Anh Sơn (Nam Định) đề nghị Ban cơ yếu nên là cơ quan của Bộ Quốc phòng và sắp xếp tương đương với cục, hoặc tổng cục là hợp lý.
Về trách nhiệm quản lý nhà nước đối với lĩnh vực cơ yếu, Dự thảo Luật nêu rõ, Chính phủ thống nhất quản lý nhà nước về cơ yếu; Bộ trưởng Quốc phòng chịu trách nhiệm trước Chính phủ trong việc thực hiện quản lý nhà nước về cơ yếu... Tuy nhiên, Ban Cơ yếu Chính phủ không phải là một đơn vị trong hệ thống tổ chức của lực lượng vũ trang, nên cần được bảo đảm sự độc lập cần thiết về tổ chức, cán bộ, kinh phí hoạt động để thực hiện nhiệm vụ quản lý chuyên ngành đặc thù, chế độ công tác nghiêm ngặt, thống nhất, chặt chẽ. Theo đại biểu Đặng Đình Luyến (Khánh Hòa), tuy Ban Cơ yếu Chính phủ thuộc Bộ Quốc phòng quản lý, nhưng công tác cơ yếu liên quan đến rất nhiều ngành, do vậy cần quy định trách nhiệm phối hợp giữa các bộ, ngành với Bộ Quốc phòng trong hoạt động cơ yếu.
Một số đại biểu bày tỏ sự phân vân về chế độ chính sách đối với người làm công tác cơ yếu và cho rằng tiêu chuẩn lựa chọn để tuyển vào ngành cao, kỹ càng, trong khi đời sống của đa phần cán bộ làm công tác cơ yếu còn nhiều khó khăn. Công tác cơ yếu là cơ mật đặc biệt, vì vậy những cán bộ làm cơ yếu cũng cần phải được quan tâm đặc biệt. Đại biểu Đinh Xuân Thảo và nhiều đại biểu đề nghị cần quy định chế độ, chính sách đặc thù đối với người làm công tác cơ yếu, bởi đây là nghề độc hại và cần có sự phân biệt cụ thể về chế độ, chính sách đối với từng đối tượng trong tổ chức cơ yếu theo tính chất, nhiệm vụ được giao. Đại biểu Điểu Krứ (Đắk Nông) đề nghị làm rõ hơn chế độ chính sách đối với người làm công tác cơ yếu không phải là quân nhân, công an nhân dân nghỉ hưu, chuyển ngành, thôi việc…
Một số đại biểu đề nghị nên quy định những người sau khi không làm công tác cơ yếu, trong năm năm tiếp theo không được làm công việc liên quan đến cơ yếu cho tổ chức trong và ngoài nước để bảo đảm tính bí mật. Ngoài ra, các đại biểu còn góp nhiều ý kiến liên quan đến tiêu chí tuyển chọn người làm công tác cơ yếu; quyền, nghĩa vụ và chế độ chính sách đối với người làm công tác cơ yếu; những điều kiện bảo đảm cho hoạt động cơ yếu; các hành vi bị nghiêm cấm trong hoạt động cơ yếu…
