Sông Cầu Bây là con sông đào và trục tiêu duy nhất cho khoảng 6.326ha của quận Long Biên và huyện Gia Lâm và cung cấp nước tưới cho khoảng 400ha diện tích đất nông nghiệp của huyện Gia Lâm.
Sông được hình thành từ những năm 1960 bắt nguồn từ hồ Kim Quan, phường Việt Hưng chảy qua phường Phúc Lợi, Sài Đồng, Thạch Bàn, quận Long Biên và thị trấn Trâu Quỳ, xã Đa Tốn, Kiêu Kị, huyện Gia Lâm và đổ vào hệ thống sông Bắc Hưng Hải tại cống Xuân Thụy với chiều dài khoảng 13,9km.
Từ nhiều năm nay nguồn nước sông Cầu Bây luôn trong tình trạng ô nhiễm do một số nhà máy, cơ sở sản xuất xả trực tiếp nước thải chưa qua xử lý ra lòng sông. Tuy nhiên, do khó khăn về nguồn vốn chưa có kế hoạch bố trí để thực hiện dự án đến nay chủ trương đầu tư dự án chưa được phê duyệt.
Để đảm bảo yêu cầu tiêu thoát cho khoảng 6.326ha diện tích toàn bộ quận Long Biên, một phần diện tích huyên Gia Lâm và cung cấp nước tưới cho khoảng 400ha diện tích đất nông nghiệp của huyện Gia Lâm. Đồng thời, chống lấn chiếm hai bên bờ sông, giảm thiểu ô nhiễm nguồn nước, cải thiện môi trường sinh thái cho khu vực quận Long Biên và huyện Gia Lâm, UBND thành phố cho phép triển khai thực hiện dự án cải tạo, nâng cấp sông Cầu Bây bằng nguồn vốn ngân sách thành phố.
Thành phố cũng giao Sở KH&ĐT nghiên cứu bổ sung dự án vào danh mục kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2018-2020 của thành phố.
Giao Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng công trình NN&PTNT Thành phố làm chủ đầu tư thực hiện lập báo cáo đề xuất chủ trương đầu tư dự án và thực hiện dự án theo đúng quy định hiện hành. Giao Sở KH&ĐT nghiên cứu, tham mưu đề xuất, báo cáo UBND Thành phố trong tháng 12/2017.