Trước đó, Bộ GTVT đã thành lập tổ xác minh thông tin báo chí phản ánh về vụ việc lập “quỹ đen” tại Cục đường thủy nội địa Việt Nam. Kết quả xác minh bước đầu cho thấy ông Phạm Văn Thông, nguyên Giám đốc Ban Quản lý dự án đường thủy nội địa (trước đây thuộc Cục Đường thủy nội địa VN) thừa nhận, trong thời gian cuối năm 2015 đến 2016, một số nhà thầu đã đến phòng làm việc của ông đưa tiền và ông đã nhận hơn 4,8 tỷ đồng của 15 nhà thầu.
Bị can Phạm Văn Thông Hồ sơ thể hiện có 10 nhà thầu không ký tên, 5 nhà thầu ký tên đã nộp tiền cho ông Thông và ông Nguyễn Long (Trưởng phòng Tài chính). Ông Thông nhận 1,5 tỷ đồng, còn ông Long không thừa nhận liên quan số tiền nêu trên.
Ông Thông khai dùng số tiền thu được chi cho các cá nhân của Cục để tổ chức hội nghị, hội thảo, tiền ăn cho cán bộ, công chức và người lao động. Kết quả xác minh của đoàn thanh tra xác định có 9 cá nhân là chuyên viên, trưởng các phòng nghiệp vụ của Cục Đường thủy nội địa đề xuất chi, sau đó lấy tiền từ ông Phạm Văn Thông để chi phí chung cho Cục Đường thủy nội địa 406 triệu đồng…
Sau khi Bộ GTVT có kết luận về vụ việc, ngày 4 và 5/9, Cục Đường thuỷ nội địa và cá nhân ông Phạm Văn Thông đã nộp số tiền 4,8 tỷ đồng vào tài khoản của Thanh tra Bộ GTVT theo yêu cầu của cơ quan này.
