Theo kết luận của UBKT T.Ư, trong thời gian giữ cương vị Phó Thủ tướng Chính phủ, ông Vũ Văn Ninh có vi phạm, khuyết điểm trong việc quyết định chủ trương thực hiện cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước tại các cảng Quy Nhơn, cảng Quảng Ninh trái với kết luận của Bộ Chính trị.
Ngoài ra, ông Ninh cũng bị kết luận là có những vi phạm, khuyết điểm trong vụ án kinh tế Bảo hiểm xã hội Việt Nam cho Công ty Cho thuê tài chính II (ALC II) vay tiền.
Cụ thể, theo kết luận của UBKT T.Ư, khi giữ chức Bộ trưởng Bộ Tài chính kiêm nhiệm Chủ tịch Hội đồng quản lý Bảo hiểm xã hội Việt Nam, ông Vũ Văn Ninh đã thiếu trách nhiệm trong lãnh đạo, chỉ đạo, kiểm tra, giám sát, để xảy ra vụ việc gây thiệt hại lớn tiền của Nhà nước, nhiều cán bộ, đảng viên liên quan bị xử lý hình sự trong vụ án kinh tế Bảo hiểm xã hội Việt Nam cho Công ty Cho thuê tài chính II (ALC II) vay tiền.
“Vi phạm của ông Vũ Văn Ninh là nghiêm trọng, ảnh hưởng đến uy tín của tổ chức đảng và cá nhân đồng chí. Căn cứ quy định của Đảng về xử lý kỷ luật đảng viên vi phạm, UBKT Trung ương đề nghị Bộ Chính trị xem xét, thi hành kỷ luật đối với ông Vũ Văn Ninh”, thông báo của UBKT T.Ư nêu rõ.
Trước đó kết luận của Thanh tra Chính phủ (TTCP) về cổ phần hóa (CPH) cảng Quy Nhơn nêu rõ, việc Bộ GTVT cho phép Vinalines chuyển nhượng 75,01% cổ phần thuộc sở hữu Nhà nước theo phương thức thỏa thuận trực tiếp khi không báo cáo, chưa được Thủ tướng Chính phủ cho phép là trái thẩm quyền, vi phạm quy định của Chính phủ.
TTCP kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo các Bộ GTVT, Vinalines, Văn phòng Chính phủ, UBND tỉnh Bình Định tổ chức kiểm điểm, xử lý trách nhiệm đối với các tập thể, cá nhân có liên quan đến khuyết điểm, vi phạm nêu tại Kết luận thanh tra.
Đồng thời, TTCP cũng chỉ đạo Bộ trưởng Bộ GTVT xem xét, hủy bỏ 2 văn bản có nội dung trái thẩm quyền, vi phạm quy định của pháp luật; chỉ đạo, thực hiện việc thu hồi 75,01% cổ phần tại Công ty cổ phần Cảng Quy Nhơn về sở hữu Nhà nước vì Bộ GTVT đã cho phép Vinalines chuyển nhượng cho Công ty Hợp Thành theo phương thức thỏa thuận trực tiếp trái thẩm quyền, vi phạm quy định của pháp luật.