Theo cáo trạng, tháng 7/2006, Cienco 1 ký hợp đồng với nhà thầu BFMC (Hàn Quốc) thi công khoan hạ cọc thép vào đá gốc - Cảng xuất sản phẩm thuộc dự án nhà máy lọc dầu Dung Quất. Sau đó, nhà thầu BFMC liên kết với Cty ANY 69 (Hàn Quốc) do ông Jung Tae Sung làm giám đốc thực hiện hợp đồng. Đến tháng 8/2007, sau khi hoàn thành hợp đồng trị giá hơn 3,6 triệu USD, Cienco 1 còn nợ BFMC hơn 754.000 USD do chưa thống nhất việc quyết toán.
Đến tháng 5/2011, quá trình làm kế toán ngoài giờ cho ANY 69, biết Cty đang gặp khó khăn về tài chính, Phạm Thị Phi Phượng đã tư vấn cho ông Jung Tae Sung đòi khoản tiền mà Cienco 1 còn nợ nhà thầu BFMC. Sau khi được ông Jung Tae Sung cung cấp một số giấy tờ (bản photo) liên quan, Phượng đã nghỉ việc, thành lập Cty Haduc, rồi tự tìm đến trụ sở Cienco 1 để đòi nợ “hộ”.
Theo chỉ dẫn của Cienco 1, Phượng gặp Phan Ngọc Thuỵ (SN 1978, Phó phòng kế hoạch Ban điều hành dự án gói thầu 5B Cảng xuất sản phẩm nhà máy lọc đầu Dung Quất thuộc Liên doanh Cty Cienco 1 – Cty Cienco 6- Tedisouth) để làm thủ tục thanh toán. Khi gặp Thuỵ, Phượng bịa chuyện nhà thầu BFMC còn nợ Phượng 20 tỷ đồng nên Cty này cho đối tượng nhận thay khoản công nợ còn lại để trừ nợ. Phượng hứa sẽ “cắt phế” 18% tổng số tiền sẽ nhận được để Thuỵ “hỗ trợ” hoàn thiện một số giấy tờ thanh toán.
Sau đó, Phượng đã tự chế công văn yêu cầu thanh toán công nợ, chuyển tiền vào tài khoản của Cty Haduc bằng cách giả mạo chữ ký, con dấu của BFMC. Căn cứ hồ sơ này, Ban quản lý dự án và Cienco 1 đã chuyển tổng cộng hơn 717.000 USD (tương đương gần 15 tỷ đồng) cho Phượng. Số tiền này, Phượng đã trả nợ thay nhà thầu BFMC cho một số đối tác hơn 700 triệu đồng; chi cho Thuỵ 3,2 tỷ đồng, còn lại hơn 11 tỷ đồng Phượng chiếm đoạt.
