Tuy nhiên, hầu hết dự án BT hiện nay tiền sử dụng đất đã được tạm tính ngay tại thời điểm ký hợp đồng để tạo điều kiện cho nhà đầu tư thực hiện song song cả 2 dự án BT và dự án khác đối ứng. Khi dự án hoàn thành, lẽ ra phải thực hiện kiểm toán kỹ thuật và kiểm toán tài chính để xác định chính xác chất lượng, giá trị, làm cơ sở cho việc thanh toán bằng đất. Song thực tế, chưa có dự án BT nào được kiểm toán mà chỉ là quyết toán. Vì vậy rất dễ phát sinh thất thoát nguồn lực về đất đai.
Nguyên nhân chính dẫn tới những bất cập này, theo GS Đặng Hùng Võ nằm ở việc xây dựng pháp luật cho cơ chế đổi đất lấy hạ tầng quá lỏng lẻo, khung pháp lý chưa phù hợp nên để lại quá nhiều khoảng trống, tạo ra nguy cơ tham nhũng. Ông Võ cho rằng, ở những nơi phát triển đô thị mạnh như Hà Nội và TPHCM nên dừng hoàn toàn việc đổi đất lấy hạ tầng, thay vào đó là cơ chế đấu giá đất, lấy tiền để xây dựng hạ tầng.
Theo phân tích của một chuyên gia địa ốc, mấu chốt của việc thất thoát tài sản công tại các dự án BT nằm ở “lỗ hổng” về cơ chế chỉ định nhà đầu tư, bởi hầu hết là chỉ định thầu. Do đó, theo vị này, nếu chưa giải quyết được thực trạng thân hữu, lợi ích nhóm, thì không nên thực hiện đầu tư theo hình thức BT tràn lan.
