Sau khi có quyết định phê chuẩn của VKSND Tối cao, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã tống đạt Quyết định khởi tố bị can, Lệnh bắt bị can để tạm giam; ngày 14/9/2019 tiến hành khám xét nơi ở, nơi làm việc đối với Khương Ngọc Chất.
Trước đó, ngày 12/9, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã ra Quyết định khởi tố bổ sung vụ án về tội “Đưa hối lộ” và “Nhận hối lộ”, ra Quyết định bổ sung Quyết định khởi tố bị can, Quyết định khởi tố bị can, bắt bị can để tạm giam, khám xét, cấm đi khỏi nơi cư trú đối với các bị can thuộc vụ án “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ; đưa hối lộ và nhận hối lộ” với 7 bị can khác gồm: Hồ Chúc, Đào Ngọc Thuật, Lê Thị Hồng, Nguyễn Đức Hoàng, Nguyễn Tân Hưng, Phùng Văn Thụ, Quách Thanh Phúc.
Ngày 13/9, sau khi có Quyết định phê chuẩn của Viện Kiểm sát nhân dân tối cao, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã thực hiện lệnh bắt bị can để tạm giam, khám xét chỗ ở, nơi làm việc đối với Hồ Chúc và Đào Ngọc Thuật; khám xét chỗ ở, nơi làm việc và áp dụng biện pháp cấm đi khỏi nơi cư trú đối với Lê Thị Hồng, Nguyễn Đức Hoàng, Nguyễn Tân Hưng, Phùng Văn Thụ, Quách Thanh Phúc.
Liên quan vụ án, ngày 3/8/2018, Cơ quan An ninh điều tra, Bộ Công an quyết định khởi tố vụ án “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”; khởi tố bị can, bắt tạm giam Nguyễn Khắc Tuấn – chuyên viên Phòng Khảo thí, Sở GD&ĐT Hoà Bình và Đỗ Mạnh Tuấn – Phó Hiệu trưởng Trường THCS và THPT nội trú huyện Lạc Thuỷ, Hoà Bình.
Tiếp tục mở rộng vụ án, ngày 14/9/2018, Cơ quan An ninh điều tra, Bộ Công an khởi tố bị can, ra lệnh bắt bị can để tạm giam, lệnh khám xét chỗ ở, nơi làm việc đối với Nguyễn Quang Vinh, Trưởng phòng Khảo thí và kiểm định chất lượng giáo dục thuộc Sở GD&ĐT tỉnh Hòa Bình, về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Cơ quan công an xác định, Vinh đã bàn bạc, chỉ đạo Mạnh Tuấn xử lý, can thiệp, nâng điểm thi trắc nghiệm cho các thí sinh. Mạnh Tuấn đã gặp, trao đổi và bàn bạc với Khắc Tuấn để cùng thực hiện việc gian lận thi. Trong việc can thiệp nâng điểm bài thi trắc nghiệm, bị can Mạnh Tuấn thừa nhận được hưởng lợi bất chính 550 triệu đồng.
Như vậy, tính đến thời điểm này, Cơ quan An ninh điều tra (Bộ Công an) đã khởi tố 11 bị can là lãnh đạo, cán bộ, viên chức ở Hoà Bình liên quan đến gian lận thi cử trong kỳ thi THPT Quốc gia 2018. Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an tiếp tục điều tra mở rộng vụ án.