Theo kết luận điều tra, tháng 9/2010, ông Hoàng Ngọc Sáu chỉ đạo Hà Văn Sơn - Tổng Giám đốc Cty VN Land (Cty “sân sau” do ông Hoàng Ngọc Sáu lập ra) ký hợp đồng về dịch vụ khai thác vận hành tòa nhà Trung tâm thương mại và căn hộ chung cư An Phú Petro Vietnam Landmark (phường An Phú, quận 2, TPHCM) do Cty Cổ phần Bất động sản xây lắp dầu khí VN (PVC Land) làm chủ đầu tư. Sau đó, ông Sáu lấy tư cách Tổng Giám đốc PVL để ký hợp đồng với Sơn, thuê lại 1.090 m2 tại dự án trên làm sàn giao dịch bất động sản trong thời hạn 5 năm với tổng trị giá 11,2 tỷ đồng. Khi tiền về tài khoản của VN Land, ông Sáu yêu cầu Sơn rút 10 tỷ đồng chuyển cho ông Sáu.
Tuy nhiên, qua điều tra xác định vào thời điểm ông Sáu và Sơn ký hợp đồng, Cty VN Land chưa được giao quản lý khai thác tòa nhà; mặt khác tại dự án An Phú không có diện tích nào cho PVL thuê làm sàn giao dịch bất động sản. Theo đó, CQĐT xác định ông Sáu có hành vi gian dối để chiếm đoạt số tiền 10 tỷ đồng của Cty PVL. Mặt khác, mặc dù không có diện tích thực thuê, song ông Sáu vẫn ký hợp đồng dịch vụ tư vấn thiết kế nội thất sàn giao dịch bất động sản với Cty JINA, gây thất thoát hơn 900 triệu đồng của PVL.
Quá trình điều tra, Cơ quan ANĐT còn làm rõ, năm 2011, ông Hoàng Ngọc Sáu có tờ trình xin HĐQT Cty PVL phê chuẩn điều chỉnh dự án chung cư Linh Tây (quận Thủ Đức, TPHCM) từ 18 lên 22 tầng. Trong khi cơ quan có thẩm quyền của UBND TPHCM đang xem xét hồ sơ, ông Sáu đã ký hợp đồng với Cty Cổ phần Thiết kế VNLand (Cty “sân sau” khác của ông Sáu, do cháu ruột ông Sáu điều hành) để thiết kế bản vẽ thi công theo phương án 22 tầng, trị giá hợp đồng hơn 9 tỷ đồng, đã thanh toán hơn 8,1 tỷ đồng. Đến nay, bản thiết kế điều chỉnh phương án 22 tầng không được UBND TPHCM chấp thuận. Việc ông Sáu ký hợp đồng thiết kế bản vẽ thi công khi thiết kế cơ sở điều chỉnh chưa được phê duyệt là trái quy định Nhà nước.
Liên quan đến vụ án, ngoài việc đề nghị truy tố đồng phạm giúp sức của ông Sáu là bị can Hà Văn Sơn (SN 1984), nguyên Tổng Giám đốc Cty CP Bất động sản VN (VN Land) về tội “lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản”, CQĐT còn đề nghị cơ quan chức năng có hình thức xử lý hành chính đối với 6 cán bộ của PVL và các doanh nghiệp khác.