Không chỉ đóng vai chính ở HAGL, Công Phượng còn thường xuyên được triệu tập vào các đội tuyển U22, U23 và đội tuyển Việt Nam. Đặc biệt với U22 và U23 Việt Nam, anh hầu như đá đủ mọi trận đấu. Tại SEA Games 29, Công Phượng chơi trọn vẹn 5 trận, không nghỉ phút nào cho đội tuyển U22 Việt Nam.
Suốt một năm qua, anh thể hiện phong độ ghi bàn rất ổn định ở mọi cấp độ. Công Phượng đã có 7 bàn thắng ở V-League, con số chỉ kém một số chân sút, trong đó có vua phá lưới Anh Đức. Công Phượng cũng là người đóng góp nhiều nhất cho đội tuyển U22 Việt Nam.
Việc phải “cày ải” quá nhiều có vẻ như đã khiến Công Phượng thấm mệt, đặc biệt sau 5 trận với các đội bóng “khủng” ở VCK U23 châu Á 2018. Ở cả 5 trận đấu của đội tuyển U23 Việt Nam vừa qua, Công Phượng đều có tên trong đội hình chính. Mặc dù vậy, anh đã có tới 4 lần được HLV Park Hang Seo thay khỏi sân. Gần nhất trong trận thắng Qatar tại bán kết, Công Phượng phải rời sân ngay đầu hiệp 2.Theo giải thích của HLV Park Hang Seo, Công Phượng bị đau từ trước đó nên ông buộc phải cho anh nghỉ.
Trước trận chung kết với Uzbekistan ngày 27/1 tới, Công Phượng đang tập luyện bình thường cùng các đồng đội. U23 Việt Nam chỉ có trường hợp của Văn Hậu gần như chắc chắn không thể thi đấu. Thông tin từ BHL đội tuyển U23 Việt Nam, các trường hợp bị đau nhẹ ở đội gồm Công Phượng đều ổn.
Mặc dù vậy, Công Phượng khó lòng đạt trạng thái sung mãn nhất để có thể chơi tốt khi gặp Uzbekistan. Việc có hay không sử dụng Công Phượng ở trận đấu ngày mai sẽ phụ thuộc vào chiến thuật HLV Park Hang Seo định ra trước đối thủ đến từ Trung Á.
Cho tới thời điểm hiện tại, Công Phượng mới ghi được 1 bàn thắng, kém xa so với 4 bàn của Quang Hải. Tuy nhiên, anh được đánh giá có sự thay đổi đáng kể trong cách thi đấu, đóng góp nhiều hơn cho đội bóng dù theo cách ít nổi bật hơn.
