Đầu năm 2014, Ủy ban Quốc gia UNESCO Việt Nam phối hợp Bộ KH&CN, Viện Hàn lâm Khoa học & Công nghệ Việt Nam nghiên cứu, rà soát tiềm lực khoa học - công nghệ, bao gồm các tổ chức khoa học - công nghệ trực thuộc, quan hệ hợp tác quốc tế song phương và đa phương, năng lực cán bộ nghiên cứu khoa học và thống nhất trước hết chọn hai lĩnh vực Toán và Vật lý (hai thế mạnh của Việt Nam) làm bước mở màn, đề xuất thành lập trung tâm khoa học trên cơ sở Viện Toán học và Viện Vật lý thuộc Viện Hàn lâm Khoa học & Công nghệ Việt Nam để được UNESCO công nhận và bảo trợ.
Trung tâm dạng II là một loại hình viện chuyên môn trong những lĩnh vực thuộc thẩm quyền của UNESCO: giáo dục, khoa học, văn hóa, thông tin của các nước thành viên được UNESCO công nhận và bảo trợ vì tầm nhìn và sứ mệnh nghiên cứu, đào tạo chuyên ngành phù hợp cho khu vực và quốc tế.