Vòng 8, Khánh Hòa tiếp CLB Sài Gòn. Khi đồng hồ mới điểm sang giây thứ 8, Văn Triền đã sút bóng dội xà ngang và ngay lập tức Đình Kha băng vào đánh đầu tung lưới đội khách. Tuy nhiên, trọng tài biên căng cờ báo việt vị,và trọng tài chính Trần Đình Thịnh sau đó quyết định không công nhận bàn thắng cho Khánh Hòa. Pha quay chậm cho thấy Đình Kha không hề việt vị, khi còn đứng trên hậu vệ đối phương cả mét. Sai lầm của các trọng tài đã khiến chân sút của Khánh Hòa mất đi bàn thắng nhanh nhất lịch sử V-League, đồng thời góp phần khiến đội bóng phố biển thua 0-2.
Một tuần sau các trọng tài liên tiếp mắc sai lầm. Nghiêm trọng nhất là tình huống thổi phạt đền khi điểm phạm lỗi ở ngoài vòng cấm của trọng tài Hà Anh Chiến trong trận đấu giữa Thanh Hóa và Sông Lam Nghệ An. Phút 87, Đình Hoàng va chạm nhẹ với Omar cách vòng cấm khoảng hai mét. Bất ngờ, trọng tài Hà Anh Chiến cắt còi, thổi phạt đền cho chủ nhà Thanh Hóa. Quá bức xúc, cầu thủ Sông Lam Nghệ An quyết định không thi đấu tiếp, trong khi HLV Ngô Quang Trường lao vào sân phản ứng dữ dội. Mất gần năm phút Ban tổ chức mới động viên được các cầu thủ đội khách trở lại thi đấu tiếp. Nhờ quyết định thổi phạt đền không chính xác của trọng tài mà Thanh Hóa có được trận hòa 2-2 trước người hàng xóm. Sau sự cố này, Ban trọng tài quyết định không mời trọng tài Hà Anh Chiến trong quãng thời gian còn lại của mùa giải.
HLV Ngô Quang Trường và cầu thủ Sông Nam Nghệ An nổi giận với quyết định thổi phạt đền của trọng tài Hà Anh Chiến.
Tại sân Cẩm Phả, trọng tài Trọng Thư cũng có quyết định thổi phạt đền gây tranh cãi. Trung vệ của CLB Sài Gòn khẽ chạm nhẹ vào vai Andrew lúc nhảy lên tranh chấp và khi hạ đất, tiền đạo đội chủ nhà lại ôm bụng quằn quại. Thế nhưng, trọng tài lại cho Quảng Ninh được hưởng quả đá 11m, giúp đội chủ nhà có bàn thắng duy nhất của trận đấu.
Trong khi đó trên sân Hàng Đẫy, trọng tài Nguyễn Hiền Triết “cướp trắng” một bàn thắng của Hà Nội T&T. Phút 25, Ngọc Đức sút phạt dội cột dọc, Thành Chung lao vào đá bồi. Bóng đã hoàn toàn đi qua vạch vôi trước khi được hậu vệ Hải Phòng phá ra nhưng trọng tài không cho rằng chưa có bàn thắng, khiến cầu thủ chủ nhà bức xúc. Dù bị mất oan một bàn thắng, đội bóng của ông bầu Đỗ Quang Hiển vẫn giành chiến thắng 2-1 nhờ cú đúp của Hoàng Vũ Samson.
Trọng tài Hiền Triết không công nhận bàn thắng cho Hà Nội T&T dù bóng đi qua vạch vôi rất xa.
Vòng 15, tới lượt Thanh Hóa chịu thiệt thòi vì sai lầm của trọng tài.Phút 85, Diao để bóng chạm tay trước khi kiến tạo cho Thanh Trung nâng tỷ số lên 4-3. Tuy nhiên, trọng tài Hoàng Ngọc Hà vẫn công nhận bàn thắng. Quá tức giận, Giám đốc kỹ thuật Lê Thụy Hải đã phản ứng dữ dội, dẫn tới việc bị phạt 5 triệu đồng và treo quyền chỉ đạo hai trận. Sau khi “mổ băng”, Trưởng Ban trọng tài VFF Nguyễn Văn Mùi thừa nhận trọng tài Hoàng Ngọc Hà bắt sai, làm ảnh hưởng nghiêm trọng tới kết quả trận đấu (hòa 4-4).
Sự cố hy hữu nhất liên quan tới trọng tài là tình huống quên thẻ của ông Nguyễn Trung Kiên trong trận đấu giữa Quảng Nam và HAGL ngày 24/7. Phút 18, trận đấu trên sân Tam Kỳ, Văn Toàn đi bóng trong vòng vây của ba cầu thủ chủ nhà Quảng Nam và bị phạm lỗi. Trọng tài Nguyễn Trung Kiên cắt còi thổi phạt, rồi lập tức chạy ra ngoài đường biên dọc. Ông quên mang thẻ nên phải “mượn” từ trọng tài thứ tư.
Cũng chiều hôm đó, trong trận đấu giữa Quảng Ninh và Long An, trọng tài Đinh Văn Dũng đã không cho đội chủ sân Cẩm Phả được hưởng một quả phạt đền ở phút 38, dù hậu vệ đội khách dùng tay chơi bóng rất rõ ràng trong cấm địa.
Trọng tài Phùng Đình Dũng sẽ bị treo còi sau sự cố trên sân Nha Trang.
Sự cố mới nhất liên quan tới trọng tài ở V-League là việc ông Phùng Đình Dũng không công nhận một bàn thắng hợp lệ của Khánh Hòa, khiến đội bóng này thua Quảng Nam 0-1 chiều 30/7.Phút bù giờ thứ hai của hiệp hai, trận đấu trên sân Nha Trang, cầu thủ Quảng Nam phá bóng ra hết đường biên ngang để bác sĩ vào sân chăm sóc cho Minh Toàn bị đau sau pha va chạm với đồng đội. Ở tình huống ném biên sau đó, cầu thủ chủ nhà không trả bóng mà tấn công luôn, dẫn tới tình huống Uche ghi bàn. Phía Quảng Nam phản ứng cho rằng Khánh Hoà chơi thiếu fair-play, nên trọng tài Dũng quyết định không công nhận bàn thắng.
Sau trận đấu, ông Dũng thừa nhận đã sai lầm, vì luật không cho phép trọng tài từ chối bàn thắng trong tình huống như vậy. Ban tổ chức giải và Ban trọng tài cũng đã gửi lời xin lỗi tới CLB Khánh Hòa bởi sai lầm của trọng tài khiến họ thua 0-1.
VPF đã tính đến phương án thuê trọng tài ngoại, nhưng chỉ dành cho những vòng cuối, trong các trận đấu có tính quyết định cuộc đua tới ngôi vô định hay trụ hạng. Theo Tổng giám đốc VPF Cao Văn Chóng hiện tại nhiều đội bóng thiếu chuyên nghiệp, sau khi thua trận chuyển sang đổ lỗi cho trọng tài để đẩy trách nhiệm. Cũng theo ông Chóng, VPF, Ban trọng tài và lực lượng an ninh đã xem xét kỹ, sai sót của trọng tài trong thời gian qua hoàn toàn là do vấn đề chuyên môn, không có tiêu cực.