Sau khi phát hiện ra tàu ngầm S-80 Plus không thể nổi lên, nó đã được sửa lại, kéo dài thêm 10m để trọng lượng dàn đều ra. Mặc dù đã cố gắng để cải tiến nó với những chi phí tốn kém, nhưng hạm đội tàu ngầm của Tây Ban Nha chỉ làm cho tình hình trở nên tồi tệ hơn. Hải quân Tây Ban Nha hiện tại đang buộc phải nạo vét và mở rộng cơ sở tàu ngầm để đáp ứng bãi đỗ cho phiên bản mới nhất này.
Các vấn đề của chiếc tàu ngầm này đã được mổ xẻ từ năm 2013 khi người ta phát hiện nó quá nặng để có thể nổi, bắt buộc phải thiết kế lại để làm cho nó nhẹ hơn và kéo dài thân tàu thêm 10m nữa để trọng lượng được dàn trải.
Nhưng, trớ trêu thay, điều đó đồng nghĩa với việc con tàu bây giờ đã trở nên quá dài so với bến đỗ trong căn cứ hải quân Cartagena, phía đông nam Tây Ban Nha. Chi phí cho việc chỉnh sửa bến đỗ để phù hợp với chiều dài mới của con tàu được ước tính là 16 triệu euro (19 triệu đô la Mỹ).
Khoản chi phí này sẽ được Chính phủ Tây Ban Nha phê duyệt trong vài ngày tới, nâng tổng chi phí bổ sung cho một trong số bốn tàu ngầm lên khoảng 1 tỷ euro, gấp đôi so với dự toán ban đầu.
Kết cấu của con tàu này đã được xem xét từ năm 1999, nhưng phải mất 15 nămngười ta mới có thể tìm ra vấn đề nằm ở trọng lượng của con tàu. Vào thời điểm đó, một quan chức Tây Ban Nha đã nói với AP rằng, ai đó đã đặt nhầm một dấu phẩy thập phân, tuy nhiên không ai chú ý đến việc xem xét lại các tính toán.
Và khi các chuyên gia tư vấn cùng các kỹ sư tìm ra giải pháp kéo dài con tàu để nó có thể nổi lên được, thì sai lầm trước đó phải trả một cái giá ước tính 14 triệu euro.
Để tránh cho dự án bị kéo dài thêm nữa, Tây Ban Nha sẽ hợp nhất chiếc tàu này với chiếc tàu ngầm thứ 3 (là chiếc S-83 dự định sẽ bàn giao cho hải quân vào tháng 3 năm 2026), trong khi hai chiếc đầu tiên dự định sẽ bàn giao vào năm khoảng năm 2022-2024.
Khi biết được thông tin về sự cố của chiếc tàu ngầm của Tây Ban Nha, ông Dmitry Polyanskiy, Phó Đại sứ Nga tại Liên Hợp Quốc viết trên Twitter của mình rằng, đây là một sự một chuỗi của những tính toán sai lầm. "Không thể tưởng tượng được là điều này có thể xảy ra ở một nước có lực lượng hải quân hiện đại như vậy," ông viết.