Bên cạnh rất nhiều lợi ích cho sức khỏe như giải nhiệt, thanh độc, sáng mắt… mướp đắng cũng chống chỉ định với một số đối tượng. Trong đó, tiêu biểu nhất là phụ nữ mang thai.
Ở nước ta, mặc dù chưa có thông tin về tác dụng nguy hiểm của mướp đắng đối với thai nhi, song nhiều nghiên cứu đã chỉ ra rằng loại quả này có thể gây đột biến gene. Đặc biệt, hạt của mướp đắng có thể làm hại đứa con trong bụng. Chúng có thể gây co thắt tử cung, xuất huyết, hoặc gây kích thích tử cung và có thể dẫn đến sinh non. Bởi vậy, tốt hơn hết, các mẹ bầu không nên ăn mướp đắng mặc dù nó có tác dụng giải nhiệt rất hiệu quả, đặc biệt tốt vào mùa hè.
Còn đối với phụ nữ đang cho con bú cũng được khuyên nên hạn chế ăn mướp đắng, do một số thành phần không tốt từ mướp đắng có thể được truyền qua sữa mẹ. Độc tính ở người lớn thấp, nhưng sẽ có vấn đề với trẻ em.
Ngoài ra, mướp đắng còn được chống chỉ định với những người mắc bệnh tiêu hóa bởi nếu ăn quá nhiều mướp đắng có thể dẫn đến tiêu chảy và các vấn đề dạ dày. Khi dùng mướp đắng (ở mọi dạng chế biến), không được dùng huyền sâm hoặc các chế phẩm có huyền sâm. Mướp đắng tính mát, không nên dùng cho người tỳ vị hư hàn (rối loạn chức năng tiêu hóa do lạnh).
Người bị bệnh huyết áp thấp cũng nên kiêng ăn mướp đắng. Mướp đắng là thực phẩm có tác dụng giảm huyết áp chính vì thế bạn không nên ăn quá nhiều sẽ dẫn đến huyết áp thấp gây đau đầu, chóng mặt đặc biệt đối với những bệnh nhân có huyết áp thấp thì nên hạn chế sử dụng sẽ tốt hơn.
