Bộ phận dùng làm thuốc là thân rễ (củ) và hoa. Khi dùng làm thuốc, nhổ cây lấy rễ củ, rửa sạch, loại bỏ vỏ ngoài, phơi khô, bảo quản nơi khô ráo.
Bộ phận dùng làm thuốc là thân rễ (củ) và hoa súng.
Một số đơn thuốc có sử dụng cây hoa súng:
Chữa suy nhược cơ thể, hay đổ mồ hôi trộm, di tinh: Củ súng nấu chín, bóc vỏ 400g; củ mài nấu chín, bóc vỏ 800g. Hai vị thái lát, phơi khô, tán nhỏ, mỗi lần dùng 10g nấu thành cháo ăn hằng ngày lúc đói. Bài thuốc có tác dụng bồi bổ, ích chí, mạnh tinh.
Hỗ trợ điều trị hen suyễn ở người cao tuổi và trẻ em: Củ súng và hạt cải củ, hai thứ lượng bằng nhau, đem đồ chín, phơi khô, tẩm nước cốt gừng, tán nhỏ thành bột, luyện với mật ong thành viên hoàn bằng hạt ngô, ngày uống 50 viên với nước sôi. Bài thuốc có tác dụng bổ dưỡng, giảm ho, cắt cơn hen.
Chữa ho, rát cổ do viêm họng: Củ súng phơi khô, sau nấu lấy 2 lần nước để cô thành cao lỏng, cho đường làm thành si-rô mà uống, ngày uống 2 - 3 lần, uống 3 - 5 ngày liền.
Chữa mất ngủ, an thần: Hoa súng 15 - 30g. Sắc với 200ml nước còn lại 50ml, uống 1 lần trong ngày, uống 7 - 10 ngày liền. Hoặc phối hợp với các vị khác: Hoa súng 15g, tâm sen 10g, hoa nhài 10g. Tất cả các vị đều sấy khô tán nhỏ để hãm với nước sôi và lấy nước uống 2 lần trong ngày. Dùng trong 1 tuần.
Chữa đái dắt, viêm bàng quang: Hoa súng 15g, râu ngô 15g, rễ cỏ tranh 10g, rau má 10g, rau diếp cá 10g. Sắc lấy nước uống 2 lần trong ngày.
Bồi bổ khí lực, tăng sức khỏe: Củ súng, củ mài (hoài sơn), hạt sen, vừng đen, đậu đen, mỗi thứ tuỳ vị từ 100g - 200g, gạo 1/2 bát. Cách chế biến: Củ súng rửa sạch, thái lát; củ mài rửa sạch, gọt vỏ, ngâm nước 2 giờ, đồ lên, thái lát; hạt sen bóc vỏ và bỏ tâm sen; vừng đen sao thơm; đậu đen rửa sạch. Tất cả các vị trên sau khi chế biến cho vào nồi cùng với gạo nấu cháo. Khi ăn có thể thêm ít đường cho dễ ăn. Ăn cháo lúc còn nóng, khi đang đói thay cơm. Mỗi tháng ăn từ 2 đến 4 lần.
Thanh nhiệt, giải cảm nắng: Dùng củ súng nấu chè ăn thường xuyên trong mùa hè.
Chú ý: Người đại tiện táo, tiểu tiện bí không nên dùng.