Theo kết luận của Thanh tra Bộ GD&ĐT, trong công tác tài chính giai đoạn 2008 - 2012 của Trường Đại học Kinh tế Quốc dân mắc hàng loạt sai phạm. Trong hoạt động thu, chi tài chính, Đại học Kinh tế Quốc dân thu vượt, thu sai quy định hơn 51,5 tỷ đồng.
Trong đó, thu kinh phí đào tạo thạc sỹ, tiến sỹ không có trong quy định hơn 22,1 tỷ đồng; thu vượt quy định về học phí nâng điểm hệ chính quy hơn ba tỷ đồng (vượt từ 30 đến 33 nghìn đồng/sinh viên/môn), thu vượt quy định lệ phí tuyển sinh các hệ hơn 7,9 tỷ đồng; thu ngoài quy định (11 khoản khác nhau) hơn 18,4 tỷ đồng và thu phí trông xe vượt quy định hơn 229,5 triệu đồng.
Mặt khác, Trường Đại học Kinh tế Quốc dân chưa đôn đốc, đối chiếu quyết toán học phí kịp thời với các đơn vị liên kết đào tạo; không có tài liệu kèm theo để kiểm soát tính đầy đủ khi phát sinh các khoản thu từ học viên, dẫn đến khó khăn trong công tác quản lý nguồn thu.
Cùng với công tác thu chi tài chính nhiều sai phạm, trong xây dựng cơ bản, Trường Đại học Kinh tế Quốc dân cũng vi phạm quy định về đấu thầu và lựa chọn nhà thầu tại một số công trình.
Đặc biệt, dự án nhà trung tâm, sau hơn bốn năm, trường chưa thực hiện ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ và các văn bản chỉ đạo của Bộ GD&ĐT về xây dựng phương án khả thi huy động vốn ngoài ngân sách nhà nước để thực hiện dự án.
Từ năm 2008 đến nay, trường chưa giải ngân được nguồn kinh phí nào cho dự án nhà trung tâm, trong khi kinh phí thu sự nghiệp của trường rất lớn, thể hiện sự thiếu trách nhiệm của chủ đầu tư…
Thiếu minh bạch, dân chủ
Theo kết luận thanh tra, hàng loạt vấn đề liên quan đến việc bổ nhiệm, điều động, luân chuyển cán bộ mắc nhiều sai phạm của Hiệu trưởng Trường Đại học Kinh tế Quốc dân và một số đơn vị, cá nhân trong trường, như: chưa thực hiện đánh giá cán bộ bằng văn bản và không lấy phiếu tín nhiệm với nguồn cán bộ tại chỗ.
Việc thực hiện pháp luật về giải quyết khiếu nại, tố cáo còn nhiều hạn chế, bất cập; chưa thực hiện đủ quy trình và chưa kết hợp giữa biện pháp tổ chức hành chính với công tác tư tưởng trong công tác tổ chức cán bộ, xử lý cán bộ nóng vội, thiếu công bằng có biểu hiện thiếu dân chủ.
Trong công tác tổ chức cán bộ, Trường Đại học Kinh tế Quốc dân đã bổ nhiệm 49 Phó trưởng phòng, Ban, Khoa (trong giai đoạn 2008 - 2010) từ nguồn cán bộ tại chỗ mà không có sự tham gia, nhận xét, đánh giá tín nhiệm của cán bộ, công chức trong cơ quan, đơn vị trước khi bổ nhiệm.
Cũng theo kết luận thanh tra, Đại học Kinh tế Quốc dân cũng có sự thiếu công khai, minh bạch trong công tác đào tạo.
Đại học Kinh tế Quốc dân và Đại học Tây Bắc đã gửi 54 sinh viên từ khóa 49 đến khóa 52 về học tại Trường đại học Kinh tế Quốc dân. Việc chuyển ngành cho hai sinh viên (K50 và K52) không trúng tuyển nguyện vọng một vào Trường Đại học Kinh tế Quốc dân trúng tuyển nguyện vọng hai vào Đại học Tây Bắc (khoa Quản trị Kinh doanh) là vi phạm quy chế tuyển sinh đại học, cao đẳng của Bộ GD&ĐT.
Việc triển khai chương trình bồi dưỡng sau đại học và cấp chứng chỉ cho 787 người đồng thời sử dụng kết quả đó thay thế nội dung bổ sung kiến thức thi cao học cho 83 người không đúng quy định pháp luật và quy chế đào tạo thạc sỹ.
Hiệu trưởng chịu trách nhiệm
Thanh tra Bộ GD&ĐT kết luận, những sai phạm của Trường Đại học Kinh tế Quốc dân do công tác chỉ đạo, điều hành còn thiếu thận trọng, có biểu hiện thiếu dân chủ, thiếu công bằng.
Việc thực hiện kiến nghị thanh tra, kiểm toán của trường chức nghiêm túc, nhất là việc kiểm điểm trách nhiệm cá nhân liên quan đến phát hiện sai phạm phát hiện qua thanh tra, kiểm toán trước đây.
Việc giải quyết khiếu nại, tố cáo của trường còn chậm và thiếu cầu thị. Hiệu trưởng Trường Đại học Kinh tế Quốc dân là người đứng đầu, phải chịu trách nhiệm chung về những thiếu sót, sai phạm cả trong công tác tổ chức cán bộ, đào tạo, thu chi tài chính lẫn xây dựng cơ bản.
Thanh tra Bộ GD&ĐT đã kiến nghị các biện pháp xử lý đối với những sai phạm tại Trường Đại học Kinh tế Quốc dân.