Theo cáo trạng, từ năm 2014 đến khi bị bắt, Phạm Chí Dũng (SN 1966, cư trú quận Tân Bình, TPHCM), Nguyễn Tường Thụy (SN 1950, cư trú tại Hà Nội) và Lê Hữu Minh Tuấn (SN 1989, cư trú tại Quảng Nam) thường xuyên tiếp xúc các đối tượng, tổ chức có tư tưởng bất mãn về chính trị trong và ngoài nước.
Phạm Chí Dũng nảy sinh tư tưởng bất mãn với chính quyền nên đã khởi xướng thành lập một tổ chức có tên là “Hội nhà báo độc lập Việt Nam"; lập trang web, blog "Việt Nam Thời Báo” nhằm tuyên truyền, xuyên tạc, đường lối chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước.
Phạm Chí Dũng giữ vai trò Chủ tịch “Hội nhà báo độc lập”, Nguyễn Tường Thụy làm Phó Chủ tịch còn Lê Hữu Minh Tuấn làm quản trị trang web. Cả 3 bị cáo cùng một số đối tượng khác viết bài, trả lời phỏng vấn, đăng tải công khai hàng ngàn bài viết lên trang web, blog “Việt Nam Thời Báo" của “Hội nhà báo độc lập Việt Nam”, riêng Dũng là khoảng 1.530 tin bài.
Qua giám định, cơ quan chức năng xác định có 25 bài viết của Phạm Chí Dũng, 5 bài viết của Nguyễn Tường Thụy và 6 bài viết của Lê Hữu Minh Tuấn có nội dung tuyên truyền, xuyên tạc, phỉ báng chính quyền nhân dân, bịa đặt, xâm phạm uy tín của Đảng Cộng sản Việt Nam, chống Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam.
Ngoài ra, Phạm Chí Dũng còn tạo lập quan hệ, ký kết hợp đồng viết bài, trả lời phỏng vấn với các trang tin điện tử, các cơ quan truyền thông nước ngoài với mục đích nhằm "đấu tranh" làm thay đổi thể chế chính trị Việt Nam.
Ngày 21/11/2019, Cơ quan ANĐT, CA TPHCM bắt giữ Phạm Chí Dũng, Nguyễn Tường Thụy bị bắt giữ vào ngày 23/5/2020, Minh Tuấn bị bắt vào ngày 12/6/2020. Tới ngày 15/10/2020, Cơ quan điều tra hoàn tất kết luận điều tra.
Theo cáo trạng, VKS nhận định, hành vi chống phá Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam như trên của các bị cáo là đặc biệt nghiêm trọng, gây nguy hiểm cho xã hội, nếu không được ngăn chặn kịp thời sẽ gây phương hại đến an ninh quốc gia, trật tự an toàn xã hội. Hành vi này đã tiếp tay cho các phần tử bất mãn, cơ hội chính trị, làm xói mòn lòng tin của nhân dân đối với Đảng và Nhà nước, gây hoang mang trong dư luận quần chúng, gây chia rẽ mất đoàn kết trong nội bộ Đảng và Nhà nước.
