Vụ án có 7 bị can gồm Nguyễn Quỳnh Phong (SN 1986), Nguyễn Tuấn Quân (SN 1984), Vũ Văn Hà (SN 1990) Lê Văn Khiển (SN 1990), Ngô Quang Hùng (SN 1993, cùng ở Chí Linh, Hải Dương); Trần Quang Hải (SN 1991, ở Quế Võ, Bắc Ninh) và Hà Văn Nam (SN 1981, ở Bắc Từ Liêm, Hà Nội).
Theo kết luận điều tra, Quốc lộ 18 nối từ Bắc Ninh đến Móng Cái là tuyến giao thông huyết mạch, lưu lượng tham gia giao thông rất lớn. Trạm BOT Phả Lại đặt trên tuyến đường này thuộc địa phận huyện Quế Võ, được Bộ GTVT cho phép thu phí từ ngày 24/12/2018. Tuy nhiên, một số người dân quanh trạm phản đối việc thu phí với họ. Ngày 29/12/2018, Hà Văn Nam gọi điện cho Nguyễn Quỳnh Phong nói đã xem clip về việc người dân phản đối thu phí, hứa sẽ về giúp.
Ngày 31/12/2018, Nam hẹn một số đối tượng sẽ về đấu tranh đòi hỏi miễn phí cho người dân quanh BOT Phả Lại. Ông Nam cũng thông báo việc này trên Facebook cá nhân với nội dung: “Ngày lễ cả nhà nghỉ ngơi còn BOT đón em trên tinh thần hài hòa việc nhà và lợi ích của dân. Cả nhà hóng nhé...”. Gặp Phong, Hà Văn Nam nói BOT Phả Lại không miễn phí cho dân địa phương là sai đồng thời cho biết bản thân đã trực tiếp đấu tranh, đạt kết quả ở những trạm BOT tương tự như Tân Đệ, Bắc Thăng Long, Biên Cương...
Nam hướng dẫn Phong cách đấu tranh chống BOT gồm khi đến trạm không được vào nhà điều hành ngay, phải đi qua trạm và nói là người địa phương, yêu cầu miễn phí; cần kêu gọi nhiều người tập trung; kiên quyết không mua vé và phải dừng gây ùn tắc nhằm tạo áp lực buộc đơn vị khai thác đáp ứng yêu cầu.
Chiều cùng ngày, cả nhóm tập trung tại BOT Phả Lại rồi dừng ở làn thu phí để gây ùn tắc giao thông, khiến lãnh đạo trạm là ông Mạc Tuấn Long phải đối thoại với Hà Văn Nam và một số người. Trong khi đó, 6 bị can còn lại vẫn dừng đỗ xe tại các làn thu phí, gây ách tắc nghiêm trọng trên Quốc lộ 18. Việc này buộc BOT Phả Lại phải xả trạm, không thu phí nên chịu thất thoát hơn 23 triệu đồng. Tuy nhiên, Cty CP BOT Phả Lại không yêu cầu các bị can bồi thường số tiền này.
Liên quan BOT Phả Lại, UBND các tỉnh Bắc Ninh và Hải Dương đã đề nghị Bộ GTVT cho người dân thuộc 1 xã, 3 phường cạnh trạm được miễn phí hoàn toàn khi qua đây. Tuy nhiên, Cty BOT Phả Lại chỉ đồng ý miễn phí cho người của xã Đức Long (Quế Võ) và phường Phả Lại (Chí Linh) từ ngày 15/3/2019.
