Thực tế tố tụng hiện nay cho thấy, ở giai đoạn điều tra, Viện KSND Tối cao thực hiện đúng chức năng và thẩm quyền của mình; tuy nhiên, khi vụ án chuyển sang giai đoạn truy tố và xét xử sơ thẩm, Viện KSND Tối cao nghiên cứu hồ sơ - ra cáo trạng, song lại không trực tiếp thực hành quyền công tố tại phiên toà, mà uỷ quyền cho Viện KSND cấp tỉnh.
Nhiều chuyên gia pháp luật cho rằng làm như vậy là trái pháp luật. Vẫn theo quy định của Bộ luật TTHS, Viện kiểm sát có thẩm quyền truy tố và kiểm sát xét xử tại Tòa án cùng cấp.
Chẳng hạn vụ án do TAND TP Hà Nội xét xử, thì cơ quan có chức năng và thẩm quyền truy tố, kiểm sát xét xử vụ án là Viện KSND TP Hà Nội. Theo đó, Viện KSND Tối cao không có quyền, nên không thể “ủy quyền” cho Viện KSND TP Hà Nội được.
Không chỉ trái luật, việc ủy quyền thực hành công tố còn phát sinh rất nhiều bất cập, đặc biệt là không tạo điều kiện cho kiểm sát viên giữ quyền công tố tại tòa hoàn thành nhiệm vụ theo tinh thần cải cách tư pháp.
Do không quy định việc ủy quyền thực hành công tố, nên Bộ luật TTHS không quy định thời hạn, trình tự thủ tục nhận hồ sơ, nghiên cứu hồ sơ, quyền được sửa đổi cáo trạng, trách nhiệm khi xảy ra oan sai... của Viện kiểm sát được ủy quyền.
Về lý thuyết, cơ quan này chỉ có 03 ngày để vừa nghiên cứu hồ sơ, cáo trạng, vừa làm thủ tục bàn giao hồ sơ cho Toà án cùng cấp.
Thực tế cho thấy, do chỉ là người “được ủy quyền”, kiểm sát viên giữ quyền công tố tại những phiên toà này thường không thể tự mình đưa ra các quyết định sai khác với bản cáo trạng.
Điều đó làm cho việc tranh tụng tại toà rất khó đi vào thực chất, trong khi đây là một trong những mục tiêu chính của cải cách tư pháp.
Để giải quyết tình trạng này, nhiều chuyên gia pháp luật cho rằng Viện KSND Tối cao chỉ thực hành quyền kiểm sát điều tra những vụ án do CQĐT cấp trung ương điều tra.
Ngay khi vụ án kết thúc điều tra, chuyển sang giai đoạn truy tố, Viện KSND Tối cao phải làm thủ tục chuyển vụ án (quy định này có trong Bộ luật TTHS) cho Viện KSND cấp tỉnh, để cơ quan này thực hiện tiếp việc nghiên cứu hồ sơ, ra cáo trạng, và thực hành quyền công tố tại phiên toà sơ thẩm.
Làm vậy vừa đúng luật, vừa giúp công tố viên hiểu sâu vụ án, nắm chắc cáo trạng, tự tin và đủ thẩm quyền thực hành quyền công tố tại phiên toà. Nó còn giúp dễ dàng phân định trách nhiệm, nếu có việc làm oan cho bị cáo.