Theo Tổ chức Y tế thế giới (WHO), vào năm 1947 các nhà khoa học theo dõi tình trạng bệnh sốt vàng da tại khu rừng Uganda, đã cô lập được một loại virus "lạ" ở loài khỉ, song chưa ai đặt tên cho virus ấy. Đến năm 1948 virus "lạ" tiếp tục được tìm thấy trên loài muỗi Aedes africanus sống trong khu rừng Zika. Kể từ đó loài virus này được gọi tên là Zika.
Năm 1952 nghiên cứu đầu tiên ghi nhận một số người sống tại Uganda và Tanzania có kháng thể trung hòa virus Zika trong huyết thanh. Điều này chứng tỏ họ từng nhiễm Zika.
Từ năm 1969 đến 1983, Zika vươn tầm ảnh hưởng đến châu Á, bao gồm Ấn Độ, Indonesia, Malaysia và Pakistan. Người ta phát hiện sự có mặt của virus này trong muỗi. Bệnh chỉ gây một số triệu chứng nhẹ nên nhiều trường hợp nhiễm không được phát hiện, hầu như không ai để ý và đánh giá đúng sự nguy hiểm của loài virus này. Các nhà khoa học thực hiện nghiên cứu về tỷ lệ hiện nhiễm ở Indonesia, Malaysia và Pakistan ghi nhận từng có dịch trên diện rộng. Gần 20 nhà điều tra về dân số và tình trạng nhiễm virus Zika nhận thấy có sự giống nhau trên lâm sàng giữa bệnh nhân nhiễm Zika với bệnh chikungunya và sốt xuất huyết.
Năm 2007 chủng Zika từ châu Phi lây sang châu Á gây ra những ổ dịch lớn đầu tiên trên người tại đảo Thái Bình Dương của Yap, cụ thể là liên bang Micronesia. Các nhà nghiên cứu dịch tễ đã tìm cách ngăn chặn bằng biện pháp kiểm soát từng ngôi nhà trên đảo. Kết quả điều tra cho thấy trong số 11.250 người có 185 trường hợp nghi ngờ nhiễm virus Zika.
Từ năm 2013 đến 2014 virus trên tiếp tục gây dịch tại 4 nơi khác của đảo Thái Bình Dương là Polynesia thuộc Pháp, Đảo Phục sinh, quần đảo Cook và New Caledonia. Đáng lưu ý tại đảo Polynesia có hàng nghìn người nghi nhiễm Zika, trong đó rất nhiều ca bị hội chứng viêm đa rễ và dây thần kinh (Guillain Barre). Bệnh gây suy yếu hoặc tê buốt ở 2 chân theo nhiều cấp độ, sau đó lan truyền tới 2 cánh tay và phần trên cơ thể. Những triệu chứng này có thể gia tăng cho đến khi người bệnh gần như liệt hoàn toàn.
Ngày 2/3/2015 Bộ Y tế Brazil báo cáo về một căn bệnh "lạ" đặc trưng bởi triệu chứng phát ban trên da xuất hiện ở miền đông bắc nước này. Bệnh được cho là có liên quan đến một loại virus. Từ tháng 2 đến tháng 4/2015 có gần 7.000 bệnh nhân trong vùng này bị phát ban. Tất cả đều nhẹ, không có tử vong. Các nhà nghiên cứu đã lấy 425 mẫu máu lấy để chẩn đoán phân biệt, kết quả có 13% dương tính với sốt xuất huyết. Các thử nghiệm về chikungunya, sởi, rubella, parvovirus B19 và enterovirus cũng được tiến hành. Tuy nhiên không ai chú ý đến Zika nên không xét nghiệm virus này.
Bệnh do Zika sẽ tiếp tục bị coi nhẹ nếu như các nhà khoa học Brazil không gióng lên hồi chuông thức tỉnh toàn nhân loại về sự gia tăng tình trạng dị tật đầu nhỏ ở trẻ sơ sinh do virus này. Hội chưng đầu nhỏ lần đầu tiên được nhắc đến khi một em bé bị bệnh đầu nhỏ sinh ra từ bà mẹ Brazil nhiễm virus Zika. Bệnh gồm nhiều triệu chứng ảnh hưởng nghiêm trọng đến cuộc sống của con người như động kinh, đầu nhỏ, trán dốc, lùn, chi ngắn, vận động trong phát ngôn và vận động chậm, trì trệ trí tuệ, loạn động vùng mặt, tăng động bất thường.
Các nhà nghiên cứu Brazil cho rằng virus Zika xâm nhập vào quốc gia này từ vùng Polynesia trong đợt thi đấu FIFA World Cup năm 2014. "Thủ phạm" Zika được xác nhận là nguyên nhân gây bùng phát dịch bệnh giống như sốt xuất huyết ở miền bắc và đông. Còn ở các huyện Camacari và thành phố lân cận Salvador, bang Bahia, một căn bệnh gây các triệu chứng giống như cúm nhưng lại dẫn đến phát ban và đau khớp đã được các nhà nghiên cứu thuộc Đại học Liên bang Bahia khẳng định do virus Zika.
Đến nay Brazil đã ghi nhận ít nhất hơn 6.700 trường hợp em bé bị chứng đầu nhỏ. Dấu hiệu của bệnh có thể xuất hiện khi thai nhi còn trong bụng mẹ hoặc vài năm sau sinh. Đến đầu tháng 2 năm nay, Tổ chức Y tế Thế giới mới khẳng định có mối liên quan đáng kể giữa nhiễm Zika với hội chứng đầu nhỏ và các rối loạn thần kinh khác. Đây được đánh giá là vấn đề y tế công cộng khẩn cấp cần có sự quan tâm của cộng đồng quốc tế.
Kể từ khi bùng phát vào cuối năm ngoái, đến nay dịch bệnh do virus Zika đã lan trên diện rộng nhất trong lịch sử. Dịch đang hoành hành ở châu Mỹ La Tinh, không ngừng lan sang các nước khác ở Nam Mỹ, Trung Mỹ và vùng biển Carribe. Đến nay đã có 62 quốc gia ghi nhận dịch. Việt Nam cũng mới báo cáo 2 ca nhiễm đầu tiên, trong có một thai phụ 33 tuổi ở TP HCM và một phụ nữ 67 tuổi ở Khánh Hòa.
Các nghiên cứu về đường lây truyền của Zika vẫn còn nhiều tranh cãi. Hầu hết các nhà khoa học đều đồng ý virus này truyền qua muỗi Aedes aegypti phổ biến ở châu Mỹ nhiệt đới và cận nhiệt đới, ngoài ra còn có "muỗi hổ châu Á" Aedes albopictus. Bệnh lây qua đường máu giữa người với người song không phổ biến. Phụ nữ mang thai nhiễm virus này có nguy cơ truyền sang con khi sinh nhưng không lây qua sữa mẹ. Một số nghiên cứu cho thấy bệnh lây qua quan hệ tình dục, đàn ông cũng có thể mắc.
Khó khăn nhất hiện nay là phần lớn các ca nhiễm Zika không có triệu chứng khiến việc ước tính số người nhiễm không chính xác. Chỉ khoảng 1/5 các trường hợp biểu hiện thành triệu chứng nhẹ như sốt Zika và nổi ban. Tình trạng nhiễm virus này ở phụ nữ mang thai có thể dẫn đến hội chứng đầu nhỏ ở trẻ sơ sinh và hội chứng Guillain-Barré. Tuy vậy Bộ Y tế khuyến cáo không phải thai phụ nào bị Zika cũng sinh con đầu nhỏ.