Cơ quan này cũng đề nghị xử lý các khoản nợ đọng, cho vay tạm ứng, ghi thu - ghi chi của ngân sách tổng cộng 4.528 tỷ đồng. Tình trạng vượt rào chi ngân sách cho các khoản kinh phí thường xuyên cũng được Kiểm toán Nhà nước nhắc phải giảm với số tiền 311 tỷ đồng. Mức giảm chi đầu tư xây dựng cũng bị kiến nghị với tổng cộng hơn 731 tỷ đồng.
Trong 9 tháng đầu năm 2014, Kiểm toán Nhà nước đã chuyển một hồ sơ vụ việc có dấu hiệu vi phạm pháp luật sang cơ quan điều tra. Cùng đó, cung cấp 14 bộ hồ sơ, tài liệu theo yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền để phục vụ điều tra, kiểm tra, giám sát.