Theo kết luận thanh tra, bên cạnh việc điều chỉnh, hủy bỏ kế hoạch, quyết định thanh tra không có căn cứ, thiếu cơ sở, Tổng Cục thuế và một số Cục thuế chưa thường xuyên thực hiện theo dõi, đôn đốc, kiểm tra, giám sát việc thực hiện kết luận thanh tra; một số kết luận thanh tra áp dụng văn bản hướng dẫn ưu đãi đầu tư chưa phù hợp làm ảnh hưởng đến quyền lợi của doanh nghiệp; cùng một hành vi vi phạm về thuế song lại có những kiến nghị xử lý khác nhau.
Cũng theo TTCP, Bộ Tài chính, Tổng cục thuế đã chậm trễ trong việc chỉ đạo, hướng dẫn, đôn đốc các Cục thuế trong công tác quản lý nợ, hoàn thuế dẫn đến nợ đọng thuế ngày càng tăng, cụ thể: thời điểm 31/12/2012 tổng số tiền nợ thuế là hơn 55 nghìn tỷ đồng; thời điểm 31/12/2013 là hơn 61 nghìn tỷ đồng (tăng 11/%) và đến thời điểm 30/6/2014 là gần 69 nghìn tỷ đồng (tăng 13% so với năm trước).
Ngoài ra, TTCP đã chỉ ra những khuyết điểm vi phạm tại một số địa phương, doanh nghiệp liên quan đến thu nộp ngân sách. Đáng chú ý, theo cơ quan thanh tra, UBND TP Hà Nội có những vi phạm trong quản lý đất đai, xây dựng dẫn đến nhiều chủ đầu tư sử dụng đất của nhà nước đã từ lâu nhưng chưa nộp tiền sử dụng đất (tính đến ngày 31/12/2014 dự tính là hơn 7,1 nghìn
tỷ đồng).
Đặc biệt, Dự án xây dựng công trình có chức năng hỗn hợp Đại Thanh tại xã Tả Thanh Oai, Thanh trì, Hà Nội, đến thời điểm thanh tra dự án chưa có quyết định giao đất, chưa được cấp có thẩm quyền phê duyệt dự án, mục đích sử dụng đất là sản xuất gạch ngói, các bên tham gia thực hiện dự án đã chuyển nhượng bất hợp pháp, chủ đầu tư chưa thực hiện nộp tiền sử dụng đất nhưng đã khởi công xây dựng từ tháng 3/2012 và trong quá trình xây dựng có nhiều vi phạm. Trước những dấu hiệu vi phạm pháp luật, cũng như dấu hiệu thất thoát tiền ngân sách nhà nước tại dự án này, TTCP đã kiến nghị cơ quan điều tra – Bộ Công an vào cuộc điều tra làm rõ.
Cùng với đó, TTCP cũng kiến nghị chuyển hồ sơ vụ việc 21 doanh nghiệp sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, gồm 20 doanh nghiệp bỏ địa chỉ kinh doanh và Cty Cổ phần XD & PT năng lượng Apa Green có tổng giá trị là 822 tỷ đồng để kê khai thuế, khấu trừ thuế, hoàn thuế có dấu hiệu của hành vi trốn thuế.