Theo TS. Lê Xuân Trường, điểm nổi bật của Luật phí và lệ phí so với Pháp lệnh phí và lệ phí là xác định cụ thể về danh mục phí và lệ phí. Theo đó, dự thảo luật đã bãi bỏ một số khoản phí để chuyển sang thực hiện cơ chế giá dịch vụ theo quy luật thị trường đối với các dịch vụ không phải do cơ quan nhà nước thực hiện mà do các tổ chức, cá nhân ngoài nhà nước thực hiện.
Dự thảo Luật phí và lệ phí đề xuất danh mục phí gồm 51 khoản (36 khoản kế thừa, bổ sung thêm 15 khoản); danh mục lệ phí gồm 39 khoản (kế thừa 30, bổ sung 9 khoản). Trong đó một số loại phí và lệ phí được loại bỏ là: Học phí, viện phí, phí qua đò, phí kiểm định phương tiện vận tải, phí đường bộ qua trạm thu BOT… Về số lượng, dự thảo luật mới đang được Quốc hội cho ý kiến và chuẩn bị thông qua giảm 22 khoản phí và 3 khoản lệ phí.
Theo TS. Trường, việc chuyển đổi này hướng đến thúc đẩy xã hội hóa trong cung cấp dịch vụ, giảm bao cấp nhà nước, đảm bảo công bằng trong điều tiết thu nhập theo hướng “ai hưởng người đó trả tiền”. Bên cạnh đó, dự thảo luận phí và lệ phí sẽ tạo ra khuôn khổ pháp lý đầy đủ, khắc phục tình trạng tùy tiện, tự phát trong tổ chức thu phí, lệ phí…
Hiện đã loại bỏ 19 loại phí có tính chất giá dịch vụ ra khỏi danh mục nhưng theo TS. Trường, hiện vẫn còn 51 khoản khác trong đó có những khoản cần nghiên cứu thêm để đáp ứng nguyên tắc. Bên cạnh đó dù đã loại bỏ 3 loại lệ phí nhưng vẫn còn danh mục 39 khoản lệ phí. TS Trường cho rằng, một số khoản chưa phù hợp hoặc trùng lặp sẽ gây khó khăn cho hoạt động sản xuất, kinh doanh.
TS. Trường đề nghị nên bỏ khỏi danh mục khoản “Lệ phí cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà, tài sản gắn liền với đất” vì đã có “Lệ phí trước bạ” có tính chất thu này. Việc bỏ khoản lệ phí này sẽ giảm gánh nặng tài chính cho doanh nghiệp và dân cư. Bên cạnh đó, TS. Trường cũng đề nghị nên bỏ Lệ phí phân bổ kho số viễn thông, tài nguyên internet vì đã có phí cấp tên miền địa chỉ sử dụng internet.
Ngược lại, TS. Trường đề nghị nên giữ lại học phí bậc học phổ thông trong danh mục phí. Điều này sẽ đảm bảo quyền được học hành của trẻ em, thúc đẩy phổ cập giáo dục phổ thông, đảm bảo an sinh xã hội. Bên cạnh đó, nên bổ sung lệ phí quản lý kinh doanh để thay thế cho thuế môn bài để đảm bảo phản ánh đúng bản chất khoản thu.