Cuối năm 2016, người dân một số huyện như Nghi Xuân, Đức Thọ, TX Hồng Lĩnh (Hà Tĩnh) tập trung tại khu vực thu phí cầu Bến Thủy phản đối việc thu phí BOT. Theo người dân, họ không đi qua bất cứ công trình BOT nào nhưng vẫn phải trả phí. Vụ việc trở nên căng thẳng khi rất đông người dân dựng lán cạnh cầu Bến Thủy và tập trung nhiều ngày để phản đối việc thu phí tại đây.
Trước sự phức tạp của vụ việc, Văn phòng Chính phủ có công văn chỉ đạo về việc đảm bảo an ninh, trật tự và an toàn giao thông tại khu vực trạm thu phí cầu Bến Thủy. Phó Thủ tướng Trương Hòa Bình chỉ đạo Bộ Giao thông vận tải chủ trì, phối hợp với UBND các tỉnh Nghệ An, Hà Tĩnh và nhà đầu tư rà soát việc thực hiện các dự án nâng cấp, mở rộng QL1 theo hình thức BOT đoạn qua địa bàn hai tỉnh. Tính toán, điều chỉnh có mức thu phí phù hợp đối với người dân có hộ khẩu thường trú tại huyện Nghi Xuân và TX Hồng Lĩnh, tỉnh Hà Tĩnh khi có ô tô đi qua trạm thu phí cầu Bến Thủy. Chỉ đạo kiểm tra, làm rõ nội dung kiến nghị của người dân về vị trí đặt trạm thu phí không phù hợp (người dân không tham gia trên các tuyến đường BOT nhưng vẫn phải trả phí cho nhà đầu tư). Có hay không có dấu hiệu lợi ích nhóm dành ưu tiên cho nhà đầu tư không đúng quy định, gây ảnh hưởng đến quyền lợi của người dân (nếu có phải có biện pháp giải quyết khắc phục ngay), báo cáo Thủ tướng Chính phủ trước ngày 20/1/2017.
Ngày 17/1, Bộ GTVT chủ trì họp với lãnh đạo hai tỉnh Hà Tĩnh và Nghệ An để đưa ra phương án giải quyết. Theo một đại diện của đoàn lãnh đạo Hà Tĩnh, tại cuộc họp nêu rất rõ là miễn toàn bộ phí xe 7 chỗ trở xuống cho người dân huyện Nghi Xuân, TX Hồng Lĩnh và Đức Thọ của tỉnh Hà Tĩnh. “Cuộc họp đã thống nhất phương án như thế nhưng trong báo cáo gửi Thủ tướng Chính phủ, ngày 20/1, Bộ Giao thông Vận tải lại chỉ nêu chung chung là thống nhất giảm giá vé cho các phương tiện và người dân. Với nội dung chung chung thế này sẽ rất khó để giải quyết sớm sự việc”, đại diện tỉnh Hà Tĩnh nói.
Mới đây, ngày 21/2, Phó Thủ tướng Trương Hòa Bình lại yêu cầu Bộ Giao thông Vận tải tiếp tục phối hợp với các nhà đầu tư và UBND các địa phương có liên quan giải quyết thỏa đáng quyền và lợi ích của người dân có hộ khẩu thường trú tại các khu vực lân cận trạm thu phí Bến Thủy và Bến Thủy 2, không để tái diễn tình trạng người dân tụ tập gây mất an ninh, trật tự, an toàn giao thông trên địa bàn. Phó Thủ tướng cũng yêu cầu Bộ Giao thông vận tải làm rõ việc người dân không tham gia giao thông trên các tuyến đường BOT nhưng vẫn phải trả phí cho nhà đầu tư, báo cáo Thủ tướng Chính phủ. Chỉ trong vòng 3 tháng, Phó Thủ tướng Trương Hòa Bình hai lần chỉ đạo rốt ráo để giải quyết sự việc cho người dân nhưng đến nay sự việc vẫn đang giậm chân tại chỗ.