Theo báo cáo của Bộ GTVT, hiện nay, trên các tuyến quốc lộ có 96 trạm thu phí đang thu phí và sẽ thu phí khi các dự án BOT (xây dựng – kinh doanh – chuyển giao) hoàn thành và đưa vào sử dụng. Cụ thể: có 45 trạm thu phí đang thu phí hoàn vốn cho các dự án BOT; 51 trạm thu phí chưa thu, đã thống nhất ký hợp đồng BOT và sẽ thu phí cho các dự án BOT sau khi hoàn thành (khoảng từ nay đến năm 2018). Trong số 96 trạm, có 83 trạm do Bộ Giao thông vận tải ký hợp đồng với các Nhà đầu tư BOT, 13 trạm do UBND các tỉnh ký hợp đồng với các Nhà đầu tư BOT.
Về dư luận phản ánh khoảng cách các trạm thu phí gần nhau, gây sức ép đóng phí, Bộ GTVT lý giải: Thông tư số 159/2013/TT-BTC ngày 14/11/2013 của Bộ trưởng Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí sử dụng đường bộ hoàn vốn đầu tư xây dựng đường bộ (BOT) có quy định: “Trường hợp đường bộ đặt trạm thu phí không thuộc quy hoạch hoặc khoảng cách giữa các trạm thu phí không đảm bảo tối thiểu 70 km trên cùng tuyến đường thì trước khi xây dựng trạm thu phí, Bộ Giao thông vận tải thống nhất ý kiến với Ủy ban nhân dân cấp tỉnh và Bộ Tài chính quyết định (đối với đường quốc lộ), Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh báo cáo Hội đồng nhân dân cùng cấp quyết định (đối với đường địa phương)”.
Trong quá trình lập và phê duyệt dự án BOT, Bộ GTVT đều có văn bản thỏa thuận với Ủy ban nhân dân (UBND) cấp tỉnh, các Bộ có liên quan về hình thức đầu tư dự án BOT và được UBND cấp tỉnh và Bộ có liên quan thỏa thuận bằng văn bản. Trong quá trình triển khai thực hiện, trên cơ sở điều kiện thực tế của từng dự án, Bộ GTVT yêu cầu Nhà đầu tư chỉ đạo tư vấn kiểm tra, khảo sát kỹ hiện trường để lựa chọn vị trí trạm thu phí cho phù hợp. Sau đó, Bộ GTVT, UBND cấp tỉnh và Bộ Tài chính thống nhất bằng văn bản trước khi xây dựng trạm thu phí.
Về sự tách bạch giữa việc thu phí sử dụng đường bộ tại các trạm thu phí BOT và thu phí sử dụng đường bộ trên đầu phương tiện, Bộ GTVT lý giải, Luật Giao thông đường bộ năm 2008 quy định: Nguồn tài chính để quản lý, bảo trì hệ thống đường quốc lộ và địa phương được bảo đảm từ Quỹ bảo trì đường bộ. Nguồn tài chính để quản lý, bảo trì đường chuyên dụng, đường không do nhà nước quản lý khai thác, đường được đầu tư xây dựng không bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước do tổ chức, cá nhân quản lý khai thác chịu trách nhiệm. “Quy định như trên là phù hợp và không có việc phí chồng phí” – Bộ GTVT khẳng định.
Bộ GTVT đánh giá, hình thức đầu tư phổ biến trên thế giới vì ngoài việc khắc phục sự thiếu hụt nguồn lực đầu tư công thì đây là hình thức đầu tư có sự giám sát chặt chẽ của nhiều bên (nhà đầu tư, cơ quan nhà nước, ngân hàng và người sử dụng), không làm tăng nợ công trong điều kiện nợ công đang ở mức cao như hiện nay, huy động được nguồn vốn nhàn rỗi của người dân thông qua các tổ chức tín dụng, hạn chế tình trạng lãng phí, tham nhũng trong đầu tư xây dựng.
Bộ GTVT cho biết, việc phát triển các dự án BOT tại Việt Nam được đưa vào nghị quyết của Ban Chấp hành Trung ương Đảng; sự chỉ đạo của Chính phủ.
Báo cáo của Bộ GTVT nêu, bằng các nguồn vốn đầu tư ngoài ngân sách, ngành GTVT đã đưa vào sử dụng hàng nghìn km đường bộ, trong đó có khoảng 700 km đường cao tốc, các cầu quy mô lớn, các cảng hàng không. Theo báo cáo của Diễn đàn Kinh tế Thế giới (WEF) thực hiện hai năm một lần, năm 2014, năng lực và chất lượng của hạ tầng giao thông Việt Nam đứng ở vị trí 74, tăng 16 bậc so với năm 2012 và tăng 29 bậc so với năm 2010 (năm 2012, Việt Nam đứng vị trí thứ 90, năm 2010 - đứng vị trí thứ 103).