Bộ GTVT yêu cầu lãnh đạo tổng công ty tuân thủ điều lệ, quy chế dân chủ, quy chế hoạt động của kiểm soát viên...
Bộ cũng yêu cầu phân định chức năng quản lý của HĐTV và chức năng điều hành của Tổng GĐ. Thời gian qua, dù có Tổng GĐ mới, nhưng trong nhiều cuộc họp, Chủ tịch HĐTV Trần Ngọc Thành vẫn là người điều hành chính.