Theo đó, giao Bộ Xây dựng chủ trì, đôn đốc xây dựng kế hoạch, phương án thực hiện chương trình, đảm bảo chất lượng, thời gian. Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Tài chính thống nhất phương án xử lý vốn đã ứng trước cho các địa phương; thu hồi vốn đã ứng, cấp vượt mức từ ngân sách Trung ương…
Theo kế hoạch trước đó, chương trình phải hoàn thành vào năm 2013, nhưng tới nay các địa phương mới hoàn thành 70-80% kế hoạch (bố trí được hơn 13.554 hộ vào các cụm, tuyến vượt lũ; gần 9.000 hộ ở trong bờ bao đảm bảo an toàn chống lũ).