Theo đó, khi khấu trừ, hoàn thuế VAT đối với những DN có mua hàng hóa, sử dụng hóa đơn đầu vào trực tiếp (của DN và DN trung gian đã ngừng kinh doanh, bỏ trốn khỏi địa điểm kinh doanh, có dấu hiệu mua bán hóa đơn bất hợp pháp, nhưng chưa có kết luận chính thức của các cơ quan chức năng, bao gồm cả trường hợp phát hiện dấu hiệu vi phạm trước 12/6/2013); cơ quan thuế thực hiện theo hướng dẫn tại Công văn số 13706 và Công văn số 1752 của Bộ Tài chính.
Trường hợp DN chưa thực hiện kê khai khấu trừ thuế VAT; cơ quan thuế thông báo bằng văn bản cho DN biết để tạm dừng (đối với các hóa đơn có dấu hiệu vi phạm pháp luật, chờ kết quả chính thức cơ quan có thẩm quyền). DN chỉ được thực hiện kê khai khấu trừ thuế VAT đầu vào với các hóa đơn không có dấu hiệu vi phạm pháp luật. Trường hợp DN đã kê khai (khấu trừ thuế VAT), cơ quan thuế thông báo bằng văn bản (cho DN biết) để kê khai điều chỉnh giảm số thuế VAT đã khấu trừ.
Nếu DN khẳng định việc mua bán hàng hóa và hóa đơn VAT đầu vào sử dụng kê khai khấu trừ là đúng quy định, thì phải cam kết chịu trách nhiệm trước pháp luật. Đồng thời cơ quan thuế phải thanh tra, kiểm tra tại DN để kết luận và xử lý vi phạm theo quy định (Trong quá trình đó phải thực hiện xác minh, đối chiếu với DN có quan hệ mua bán về hàng hóa, thanh toán và xuất khẩu hàng hóa...).