Theo đó, Sở Xây dựng – đơn vị chủ đầu tư và Cty tư vấn thiết kế Story Inc của New Zealand tiếp thu có chọn lọc các ý kiến của chuyên gia Việt Nam để chỉnh sửa nội dung trưng bày trong nhà, phân khu chức năng ngoài trời.
Bảo tàng Hà Nội phải đảm bảo ba yếu tố đặc trưng của Thủ đô: Văn Hiến (văn hóa vật thể và phi vật thể), Anh hùng và Hòa bình (yêu hòa bình, lao động sáng tạo...).
Trước mắt sẽ tập trung phục vụ cho giai đoạn trước Đại lễ Thăng Long – Hà Nội 1000 năm với các không gian trưng bày, trong đó có khu trưng bày của Hội cổ vật, các nhà sưu tầm tư nhân.
Theo ý tưởng của Công ty Story Inc, Bảo tàng Hà Nội được trưng bày theo hình vòng xoáy.
Ở vị trí trung tâm là hình tượng con rồng, xoay quanh đó là các chủ đề về con người, địa danh, vật thể và sự kiện.
Bảo tàng Hà Nội được xây dựng trên diện tích gần 54.000m2 tại khu đất cạnh Trung tâm Hội nghị quốc gia, xã Mễ Trì, huyện Từ Liêm với chiều cao hơn 30m.