Đến thời điểm hiện nay, Thanh Hóa có 13 dự án thủy điện đã triển khai đầu tư, trong đó có 4 dự án phải bố trí di dân tái định cư (TĐC) tập trung, đó là các dự án thủy điện Trung Sơn, thủy điện Hồi Xuân, thủy điện Bá Thước 1 và 2. Các dự án còn lại do số lượng di dân không nhiều, nên hộ dân tự di chuyển hoặc bố trí xen ghép. Việc di dân, TĐC tập trung ở các huyện: Mường Lát, Quan Hóa, Bá Thước. Các địa phương đã có phương án quy hoạch xây dựng 6 khu, 13 điểm TĐC tập trung tại 7 xã của 3 huyện với 930 hộ (trong đó TĐC tập trung là 432 hộ).
Việc quy hoạch các khu, điểm TĐC trên địa bàn tỉnh Thanh Hóa có nhiều bất cập. Cụ thể như, chưa tính hết các yếu tố sinh kế bền vững (mới chỉ có thủy điện Trung Sơn là có dự án sinh kế sau TĐC cho hộ dân); quan tâm chưa nhiều đến phong tục, tập quán, sinh hoạt của đồng bào dân tộc thiểu số; có nơi quy hoạch chưa hợp lý, bố trí nơi ở trên đỉnh núi cao, mặt bằng không đều, xa nơi canh tác, thiếu nguồn nước sinh hoạt, chất lượng đất kém, nguy cơ sạt lở cao như ở điểm TĐC Kéo Đắm, huyện Quan Hóa và bản Lìn, xã Trung Lý, huyện Mường Lát.
Trong khi đó, tiến độ xây dựng một số điểm TĐC quá chậm như thủy điện Hồi Xuân, triển khai xây dựng được gần 10 năm, đến nay chưa bàn giáo được mặt bằng khu TĐC của bản Sa Lắng.
Một số công trình đầu tư không được khảo sát, thiết kế phù hợp với địa hình, địa chất, giám sát thiếu chặt chẽ nên chất lượng hiệu quả thấp, gây bức xúc cho nhân dân như công trình nước sinh hoạt ở: bản Nàng 1, xã Mường Lý; bản Keo Đắm ở xã Trung Sơn, bản Co Pùng ở xã Trung Sơn. Quy hoạch xây dựng nhà ở cho đồng bào dân tộc thiểu số như nhà ở của dân cư đô thị, không phù hợp với phong tục, tập quán...
Theo một số hộ dân ở bản Kéo Đắm xã Trung Sơn cho biết: Khi thiết kế công trình nước sinh hoạt do sử dụng ống kẽm nhỏ, han gỉ, thiết kế kỹ thuật không phù hợp nên một số hộ dân ở cuối nguồn không có nước dùng.
Những hạn chế trong việc quy hoạch khu, điểm TĐC của các dự án thủy điện cũng được Ban Dân tộc tỉnh Thanh Hóa chỉ rõ như: Một số hộ dân nằm ngoài phạm vi ảnh hưởng của dự án được duyệt, nhưng khi xây dựng công trình và tích nước vẫn bị ngập nước như thôn Chiềng Ai, xã Hạ Trung, huyện Bá Thước.
Công tác kiểm kê, áp giá, đền bù giải pháp mặt bằng, lập, thẩm định và phê duyệt các phương án bồi thường, hỗ trợ tái định cư còn hạn chế, cá biệt, có một số nơi còn để xảy ra sai sót trong quá trình kiểm đếm, đánh giá mức thiệt hại bồi thường...