Tuyến Hà Nội - Lào Cai bị ảnh hưởng nặng nề nhất. Trên toàn tuyến nhiều vị trí nước ngập sâu, chảy xiết gây xói lở nền đá, nền đường, sạt lở ta luy nền đường, đất đá trôi lấp nền đường, rãnh đường sắt. Có khoảng 20 điểm ngập nước và trên 45 điểm sạt lở nền đường.
Tại ga Yên Bái, thiết bị tín hiệu bị ngập nước, do nước dâng nhanh nên một số thiết bị như đài khống chế, máy phát điện và một số thiết bị ngoài trời không kịp tháo dỡ, di dời.
Đến thời điểm hiện tại, đơn vị đang tập trung nhân lực, vật tư, thiết bị, khẩn trương cứu chữa khắc phục hậu quả, đảm bảo thông đường trong thời gian nhanh nhất.
Tuyến đường sắt Bắc Nam có 20 vị trí cây to, cột điện, cột thông tin đổ vào đường sắt; khoảng 13 điểm cây xanh, vật kiến trúc gẫy đổ vào tuyến đường dây thông tin tín hiệu đường sắt.
Nhiều tuyến bị đất sạt lở, lấp cả đường ray.
Có 5 đường ngang cảnh báo tự động bị gẫy cần chắn, hư hỏng thiết bị giám sát, khoảng 20 bình ắc quy đã kiệt dung lượng. Thiết bị tín hiệu ngoài trời tại ga Giáp Bát bị ngập nước, phải đình chỉ hoạt động.
Tuyến Hà Nội - Đồng Đăng có khoảng 90 vị trí cây đổ vào đường sắt; 10 đoạn tuyến bị ngập nước với chiều dài khoảng 4km. Có 8 vị trí sạt lở taluy, đất đá trôi lấp đường sắt; cầu Nà Lầm bị sạt lở tứ nón đầu nam phía hạ lưu. Cây xanh, vật kiến trúc gẫy đổ vào làm hư hỏng tuyến đường dây thông tin tín hiệu đường sắt và các phụ kiện kèm theo
Tuyến Bắc Hồng – Văn Điển có nhiều vị trí cây to, cột điện, cột thông tin đổ vào đường sắt với 17 vị trí. Đến thời điểm này tại Km20+400-Km21+000 nước ngập đỉnh ray trên 500mm. Toàn tuyến có khoảng 28 điểm cây xanh, vật kiến trúc gẫy đổ vào làm hư hỏng tuyến đường dây thông tin tín hiệu đường sắt và các phụ kiện kèm theo.
Lãnh đạo Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam đi kiểm tra tình hình khắc phục bão số 3.
Tuyến Gia Lâm – Hải Phòng bị thiệt hại khá nặng. Hơn 500 vị trí cây, cột thông tin đổ vào đường sắt, nhiều đường ngang cảnh báo tự động bị gẫy cần chắn, hư hỏng một số thiết bị như cảm biến, thiết bị giám sát, khoảng 140 bình ắc quy đã kiệt dung lượng. Thiết bị tín hiệu tại các ga Thượng Lý, Hải Phòng bị ngập nước làm hư hỏng một số thiết bị ngoài trời như hộp cáp, hòm biến thế, biến áp.
Tuyến Kép – Hạ Long – Cái Lân có khoảng 166 vị trí cây đổ vào đường sắt. Cây xanh, vật kiến trúc gẫy đổ vào làm hư hỏng tuyến đường dây thông tin tín hiệu đường sắt và các phụ kiện kèm theo, đặc biệt các khu gian Uông Bí – Bàn Cờ - Yên Cư, Hạ Long – Cái Lân nhiều cột thông tin gãy đổ hoàn toàn.
Từ ngày 7-12/9, Tổng công ty Đường sắt Việt Nam đã bãi bỏ 41 chuyến tàu khách, với 18.120 hành khách trả vé, trị giá khoảng 4,02 tỷ đồng.