Công văn do Thứ trưởng Đặng Thị Bích Liên ký nêu rõ: Bộ nhận được công văn số 998 ngày 9/6 của UBND tỉnh Quảng Bình báo cáo kết quả kiểm tra thực tế tuyến du lịch khám phá hang Sơn Đoòng theo lộ trình mới. Còn công văn ngày 26/6 của Bộ viết: “Việc lắp đặt thang, khoan lỗ giữ thang và móc dây bảo hiểm để du khách đi qua trên bề mặt lớp nhũ tràn nhằm khai thác thử nghiệm tuyến du lịch hang Sơn Đoòng theo lộ trình mới là tác động vào yếu tố gốc cấu thành di sản mà chưa có ý kiến thống nhất của cơ quan có thẩm quyền và chưa được thông tin kịp thời, đầy đủ, tạo nên ý kiến nhiều chiều... Vì vậy, Bộ lưu ý và đề nghị UBND tỉnh Quảng Bình rút kinh nghiệm...”.
Lãnh đạo Bộ trích dẫn Khoản 13 Điều 1 Luật Sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Di sản Văn hóa năm 2009 quy định: “… Khu vực bảo vệ I phải được bảo vệ nguyên trạng về mặt bằng và không gian. Trường hợp đặc biệt có yêu cầu xây dựng công trình trực tiếp phục vụ việc bảo vệ và phát huy giá trị di tích, việc xây dựng phải được sự đồng ý bằng văn bản của người có thẩm quyền xếp hạng di tích đó. Việc xây dựng công trình bảo vệ và phát huy giá trị di tích ở khu vực bảo vệ II đối với di tích cấp tỉnh phải được sự đồng ý bằng văn bản của Chủ tịch UBND cấp tỉnh, đối với di tích quốc gia và quốc gia đặc biệt phải được sự đồng ý bằng văn bản của Bộ trưởng Bộ VHTT&DL. Việc xây dựng công trình quy định tại khoản này không được làm ảnh hưởng đến yếu tố gốc cấu thành di tích, cảnh quan thiên nhiên và môi trường sinh thái của di tích”.
Thông tin Quảng Bình cho phép lắp đặt thang để vượt bức tường Việt Nam cao 90m trong hang Sơn Đoòng thu hút sự chú ý của dư luận, cho nên ngày 17/5 Bộ VHTT&DL có công văn đề nghị Quảng Bình báo cáo. Lãnh đạo Quảng Bình khẳng định giải pháp lắp thang có ảnh hưởng đến các quá trình địa chất nhưng “không đáng kể”, thậm chí lại đảm bảo an toàn, cứu hộ cứu nạn, bảo vệ môi trường tốt hơn. Sở Tài nguyên Môi trường tỉnh Quảng Bình cũng cho rằng phương án này rút ngắn thời gian tua du lịch khám phá Sơn Đoòng xuống 1 ngày 1 đêm, rút ngắn thời gian lưu trú của khách. Về điều này nhiều chuyên gia vẫn đang tranh cãi. PGS.TS Tạ Hòa Phương đồng tình quan điểm nêu trên, cho rằng lắp thang tốt cho khai thác du lịch.
Một số chuyên gia khác lại phát biểu, khai thác hang động phải đánh giá tác động, ngưỡng chịu tải, chỉ số khí thải thậm chí có thời gian đóng cửa để phục hồi hệ thống thạch nhũ và sinh thái trong hang. Chưa kể nhiều người nghi ngại lượng khách vào Sơn Đoòng tăng mạnh, gây ảnh hưởng đến di sản.