Vùng nước cảng biển Trường Sa được giới hạn bởi các đoạn thẳng khép kín nối các điểm có tọa độ thuộc các đảo Đá Tây, Trường Sa Đông, Đá Đông, An Bang, Đá Lát, huyện Trường Sa (Khánh Hòa). Đại diện Cảng vụ Hàng hải Nha Trang tại Trường Sa hoạt động theo ủy quyền của giám đốc Cảng vụ Hàng hải Nha Trang, có con dấu riêng, được mở tài khoản tại kho bạc nhà nước, trụ sở đặt tại huyện đảo Trường Sa.
Việc thành lập đại diện Cảng vụ Hàng hải Nha Trang tại Trường Sa là sự hiện diện quản lý nhà nước về hàng hải trên vùng biển Trường Sa, góp phần bảo vệ chủ quyền, quyền chủ quyền và quyền tài phán của Việt Nam, Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam Nguyễn Nhật nói. Nhân dịp này, Cục Hàng hải Việt Nam đã quyên góp được hơn 400 triệu đồng ủng hộ đồng bào, chiến sỹ đang sinh sống, công tác tại huyện đảo Trường Sa.