Năm 2001, Khu Bảo tồn biển Hòn Mun được thành lập, là khu bảo tồn biển (KBTB) đầu tiên của Việt Nam. Đến tháng 3/2004, KBTB Hòn Mun được đổi tên thành KBTB vịnh Nha Trang, với vùng lõi là khu vực Hòn Mun. Năm 2005, vịnh Nha Trang được công nhận là di tích danh thắng cấp quốc gia, theo đó khu vực Hòn Mun là vùng bảo vệ 1 của di tích danh thắng vịnh Nha Trang.
Với hơn 350 loài san hô thuộc 64 giống san hô tạo rạn, chiếm gần 45% số loài san hô tạo rạn trên toàn thế giới và hơn 1.000 loài sinh vật biển, Hòn Mun được đánh giá là một trong những khu vực có hệ sinh vật biển đa dạng, phong phú nhất tại Việt Nam. Bởi vậy, đối với du khách tới Nha Trang, Hòn Mun luôn là điểm đến hấp dẫn nhất.
Ban quản lý KBTB vịnh Nha Trang đã xây dựng Khu du lịch sinh thái Hòn Mun, vừa là nơi cho du khách tắm biển, thư giãn sau hơn một giờ đi tàu từ bến cảng Cầu Đá, vừa là nơi giới thiệu về sự đa dạng sinh học của vịnh Nha Trang, về KBTB vịnh Nha Trang.
Bộ mặt của danh thắng vịnh Nha Trang mà để vậy, phản cảm, bôi bác quá. UBND thành phố Nha Trang đang giao cho Ban quản lý KBTB vịnh Nha Trang lập kế hoạch nâng cấp Khu du lịch sinh thái Hòn Mun, trình UBND tỉnh Khánh Hòa phê duyệt. Nhưng Ban quản lý họ làm hơi chậm
Ông Nguyễn Văn Danh, Chủ tịch UBND thành phố Nha Trang
Đón du khách đặt chân lên Hòn Mun là chiếc cổng chào thô vụng về kiểu dáng, banner ở cổng đã bị rách, bong tróc một số chữ. Phía trước ngôi nhà Trung tâm Thông tin du khách khá rộng, cao hai tầng là tấm biển quảng cáo dịch vụ lặn biển rộng chừng 5m2, đã rách nát te tua.
Bên trong Trung tâm Thông tin du khách không có người giới thiệu, các bức ảnh, bảng thông tin, hiện vật...? giới thiệu về danh thắng vịnh Nha Trang bị bỏ chỏng trơ, bụi phủ. Mái lá của Trung tâm Thông tin du khách đã bị dột nhiều chỗ, đèn chiếu sáng cũng không còn. Các bức tường, nền nhà, ghế xếp đầy vết bẩn do dơi gây ra. Nhưng khi chúng tôi vừa ngồi lên một chiếc ghế xếp, liền có người đến đòi 20 nghìn đồng. Một vài du khách nước ngoài dắt nhau vào ngó nghiêng trong nhà rồi lắc đầu, đi ra.
Bên ngoài, lèo tèo mấy ki ốt bán mũ, quần áo tắm, bánh kẹo...? Mấy dãy lán ở phía Nam cổng vào cũng dột nát, bị bỏ hoang. Khu nhà vệ sinh tồi tàn, hôi hám, khách phải trả 3 nghìn đồng cho một lần sử dụng.
Nhân viên khu du lịch sinh thái Hòn Mun không tỏ vẻ buồn khi khách phàn nàn về sự xuống cấp ở đây. Họ nói, hiện nay đang mùa thấp điểm của du lịch Nha Trang, nhưng hằng ngày vẫn có vài ba trăm khách đến Hòn Mun. Mùa cao điểm, mỗi ngày có trên một nghìn du khách đến đây, ai lên đảo phải mua vé với giá 10 nghìn đồng, ai đi lặn ngắm san hô, xin mời đưa 40 nghìn đồng...?