Sau một tuần tiến hành thu phí tại trạm T3, hầu hết nhà xe đều cho rằng mức phí qua trạm T3 quá cao. Giám đốc Công ty Vận tải Hoa Mai (TP Vũng Tàu), cho biết: So với một số trạm thu phí khác như Rạch Chiếc (xa lộ Hà Nội), Bình Triệu (Quốc lộ 13, TPHCM), mức phí tại trạm T3 cao gấp đôi.
Cụ thể, mức phí qua trạm Rạch Chiếc và Bình Triệu đối với xe từ 12 đến 30 ghế là 15 ngàn đồng/lượt (nếu mua vé tháng thì 450 ngàn đồng/tháng); còn tại trạm T3 thu 30 ngàn đồng/lượt (900 ngàn đồng/tháng). Hoa Mai có hơn 100 xe (loại 15 ghế) hoạt động trên tuyến BR-VT tới TPHCM và ngược lại. Mỗi tháng công ty này phải nộp thêm khoản phí 120 triệu đồng để qua trạm T3 khiến doanh nghiệp gặp khó khăn.
Ngoài việc thu phí cao và xảy ra ùn ứ, việc phân luồng, bố trí giao thông tại khu vực trạm thu phí T3 cũng chưa hợp lý. Do không được bố trí làn đường riêng nên trước khi qua trạm, các xe gắn máy đều bắt buộc đi vào làn đường dành cho xe ô tô. Tình trạng này khiến giao thông tại khu vực thêm phức tạp, có nguy cơ xảy ra tai nạn giao thông.