Trong một lần bị quân Khmer Đỏ phục kích trên đất Campuchia, hạ sĩ Nguyên bị thương, được đưa về điều trị tại Quân y viện tại tỉnh Tây Ninh, nhưng do vết thương quá nặng nên đã hy sinh ngày 12/7/1979. Ở quê, nhận được giấy báo tử, mẹ liệt sĩ Nguyên khóc thương con đến mù cả hai mắt.
Theo giấy báo tử, liệt sĩ Nguyên được mai táng tại huyện Gò Dầu, có cả số mộ và khu tại Nghĩa trang Liệt sĩ huyện Gò Dầu, tỉnh Tây Ninh. Đến năm 1992, hài cốt được sang cất vẫn tại Nghĩa trang huyện Gò Dầu.
Mãi đến ngày 23/12/1999, gia đình liệt sĩ Nguyên mới có điều kiện vào Nghĩa trang Gò Dầu nhận mộ và xin bốc hài cốt liệt sĩ về quê.
Theo hồ sơ lưu trữ tại phòng Lao động, Thương binh và Xã hội huyện Gò Dầu và được Ban quản lý Nghĩa trang hướng dẫn, gia đình đã tìm thấy mộ liệt sĩ Nguyên số 123 ở khu C của Nghĩa trang, có cả bia mộ. Tuy nhiên, cả dãy mộ liệt sĩ thì duy nhất chỉ có mộ liệt sĩ Nguyên là không còn nắp đậy bằng xi măng phía trên, trong mộ không còn hài cốt mà chỉ còn túi ni lông màu xanh đã rách và dây buộc ni lông màu đen.
Việc tìm kiếm không có tiến triển gì, trong nhiều năm, anh Nguyễn Ngọc Sơn, sĩ quan QĐND Việt Nam, công tác tại Sư đoàn 341, Quân khu IV, cháu ruột liệt sĩ Nguyên, thay mặt gia đình gửi nhiều đơn kiến nghị đến nhiều cấp có thẩm quyền từ T.Ư đến địa phương, trong và ngoài Quân đội, đề nghị tìm kiếm hài cốt liệt sĩ Nguyên. Một số công văn qua lại được các cơ quan chức năng gửi cho nhau nhưng không có kết quả thực tế.
Đầu năm 2014, gia đình liệt sĩ Nguyên một lần nữa trở lại Tây Ninh. Các cơ quan chức năng của tỉnh này khẳng định, liệt sĩ Nguyên hy sinh trên đất ta, hồ sơ mai táng và sang cất quy tập rất rõ ràng, được thực hiện hết sức cẩn trọng, không thể có trường hợp không có hài cốt mà chỉ lập mộ giả. Khả năng duy nhất có thể đã xảy ra là gia đình một liệt sĩ nào đó đã nhận nhầm và bí mật đào đưa về quê.
Gia đình liệt sĩ Nguyên cũng nghĩ rằng có thể thân nhân liệt sĩ nào đó tìm hài cốt theo lối “tâm linh” đã bốc nhầm hài cốt liệt sĩ Nguyên. Mong muốn duy nhất của gia đình là ai đó đã bốc hài cốt tại mộ liệt sĩ Nguyễn Ngọc Nguyên, mộ số 123, khu C, Nghĩa trang Liệt sĩ huyện Gò Dầu vào khoảng năm 1999 trở về trước thì liên hệ để hai bên cùng tiến hành xét nghiệm, nếu đó là hài cốt liệt sĩ Nguyên thì xin phép được đón về quê nhà, không nói lại chuyện cũ, giải tỏa trăn trở không yên mấy chục năm của gia đình liệt sĩ.
Địa chỉ liên hệ với gia đình liệt sĩ Nguyên: Anh Nguyễn Ngọc Sơn, số nhà 06/150, đường Lê Thánh Tông, phường Đông Vệ, TP Thanh Hóa, ĐT: 0904141210; Email: sonquany68@gmail.com; hoặc chị Nga, địa chỉ trên, ĐT: 0916541646, Email: lenga68@gmail.com.