Ông Nguyễn Sự - nguyên Bí thư thành phố Hội An cho rằng, nỗi lo lớn nhất hiện tại là việc các dòng chảy bị thay đổi nghiêm trọng, và việc đầu tư các dự án, khu du lịch, thậm chí xây dựng bê tông phá vỡ toàn bộ không gian rất tự nhiên của cồn bãi. “Nếu làm dòng sông chết đi hoặc mất đi các cồn bãi bằng những thảm bê tông hoặc những nhà cao chọc trời thì cũng là giết chết tương lai Hội An” - ông Sự nói.
Nhiều ý kiến đại biểu cũng cho rằng, các dự án đầu tư xây dựng trực tiếp trên hầu hết hệ thống cồn bãi tự nhiên ven sông, ven biển thuộc vùng đệm và vùng lõi Khu Dự trữ sinh quyển thế giới Cù Lao Chàm cho thấy nguy cơ làm suy giảm “sức khỏe” hệ sinh thái, đa dạng sinh học, sinh cảnh tự nhiên, thay đổi toàn diện các yếu tố sinh thái trong khu sinh quyển. Do vậy cần có đánh giá, quy hoạch tổng thể, có quy chế khai thác các giá trị mà không phá vỡ thuộc tính và hài hòa các lợi ích.