Theo đó, nguồn ngân sách nhà nước Trung ương hỗ trợ căn cứ trên số lượng thí sinh đăng ký dự thi tại các cụm thi tổ chức cho thí sinh dự thi để xét công nhận tốt nghiệp THPT và xét tuyển vào các trường đại học, cao đẳng do các trường đại học chủ trì (gọi là cụm thi đại học). Mức hỗ trợ là: 25.000 đồng/môn thi x bình quân 5 môn thi = 125.000 đồng/thí sinh. Ngoài ra, ngân sách Trung ương hỗ trợ tiền công tác phí cho các cán bộ, giảng viên, học viên về các tỉnh để tổ chức thi tại các cụm thi đại học theo điều động của Bộ GD&ĐT.
Nguồn thu từ phí dự thi, dự tuyển 35.000 đồng/môn được chuyển về các cụm thi đại học để tổ chức kỳ thi. Nguồn ngân sách địa phương chi trả cho các học sinh dự thi chỉ để xét công nhận tốt nghiệp THPT năm 2016, nhưng tham gia dự thi tại cụm thi đại học. Mức kinh phí ngân sách địa phương chi trả 60.000 đồng/môn thi/thí sinh.
Trong các mức chi cho công tác tổ chức kỳ thi thì chi chấm bài thi: Bài thi tự luận, mức chi tối đa 18.000 đồng/bài; Bài thi trắc nghiệm, mức chi tối đa 4.000 đồng/bài (bao gồm cả máy móc, thiết bị chấm thi trắc nghiệm).
Cũng theo Bộ GD&ĐT, năm 2016, không thu lệ phí phúc khảo đối với các thí sinh dự thi kỳ thi THPT quốc gia. Nội dung chi, mức chi cho chấm thẩm định, chấm phúc khảo, thanh tra thi, kiểm tra bài thi.