Cục trưởng Cục Hàng không Việt Nam Lại Xuân Thanh cho biết ngay tối 16/12 đã triển khai các bước điều tra sự cố với chuyến bay VN 1266. Chuyến bay từ sân bay quốc tế Tân Sơn Nhất (TP HCM) đi Vinh (Nghệ An) nhưng bị giảm ấp suất, bung túi khí phải chuyển hướng đến sân bay quốc tế Nội Bài (Hà Nội).
Cục đã tiến hành phỏng vấn tổ bay. Ngay trong tối 16/12, đã thu giữ hộp đen, thiết bị ghi âm buồng lái để giải mã, phục vụ công tác điều tra trên chiếc máy bay gặp sự cố để điều tra.
Ngoài ra, cơ quan chức năng sẽ điều tra việc bấm nhầm tần số đàm thoại từ khẩn nguy sang tần số thông báo khủng bố. Theo đúng quy định, phi công phải thực hiện ấn nút khẩn nguy với (mã 7700) nhưng cơ trưởng người Séc đã ấn nhầm sang nút khủng bố 7500 để thông báo cho cơ quan không lưu. Khoảng 7 phút sau, cơ phó người Việt Nam phát hiện sai sót, điều chỉnh về tần số khẩn nguy.
Cơ trưởng chuyến bay là ông Pechanec Marek, quốc tịch Séc, Lái phụ là ông Đỗ Hoàng Nam Phúc, quốc tịch Việt Nam.