Điểm mới đáng chú ý trong thông tư là bổ sung quy định doanh nghiệp (DN) được tính vào chi phí được trừ đối với khoản chi có tính chất phúc lợi (chi trực tiếp cho người lao động).
Ví dụ, khoản chi cho đám hiếu, hỷ của bản thân và gia đình người lao động; chi nghỉ mát, hỗ trợ điều trị; chi hỗ trợ bổ sung kiến thức học tập tại cơ sở đào tạo; chi hỗ trợ gia đình người lao động bị ảnh hưởng bởi thiên tai, địch họa, tai nạn, ốm đau... Tuy nhiên, tổng số chi có tính chất phúc lợi nêu trên không quá 1 tháng lương bình quân thực tế (thực hiện trong năm tính thuế của DN). Trước đây không có quy định này.
Đối với DN 100% vốn nhà nước nằm trong diện cổ phần hóa, sắp xếp, đổi mới; khoản chênh lệch do đánh giá lại tài sản cũng không phải chịu thuế thu nhập DN (TNDN). Trước đây, giai đoạn 2012-2013, khoản này tính vào thu nhập khác khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.
Để khuyến khích DN đầu tư, phát triển sản phẩm khoa học công nghệ, thời gian miễn thuế với đối tượng này được tăng lên. Cụ thể thời gian miễn thuế đối với các thu nhập từ thực hiện hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ trong thời gian thực hiện hợp đồng được kéo dài lên tối đa 3 năm. Thu nhập từ bán sản phẩm thử nghiệm, từ sản xuất làm ra từ công nghệ mới lần đầu tiên áp dụng tại Việt Nam có thời gian miễn thuế kéo dài tới 5 năm (trước đây, tối đa 1 năm).Ngoài ra, DN được trích khấu hao vào chi phí được trừ (khi xác định thu nhập tính thuế TNDN) toàn bộ giá trị đối với xe ô tô làm mẫu và lái thử cho kinh doanh ô tô có giá trị trên 1,6 tỷ đồng.