Trên Tiền Phong số ngày 4/4/2017 có đăng tải bài: “Dịch” sơn thếp trong trùng tu di tích: Đền Phù Đổng kêu cứu. Việc tu bổ được cơ quan chức năng tạm dừng vì nhiều hạng mục sai phạm, tuy nhiên ngày 26/4, BTC Hội Gióng Phù Đổng có gửi giấy mời trong đó có nội dung khánh thành dự án tu bổ tôn tạo khu di tích quốc gia đặc biệt vào 2/5.
Trước sự việc này, lãnh đạo Sở VHTT Hà Nội ký công văn nêu rõ: Yêu cầu UBND huyện Gia Lâm dừng nội dung “Khánh thành dự án tu bổ, tôn tạo Khu di tích quốc gia đặc biệt Phù Đổng” tại buổi khai mạc Lễ hội Gióng năm 2017 vào ngày 2/5/2017 để thực hiện việc nghiệm thu, bàn giao dự án theo quy định.
Cụ thể, dự án tu bổ tôn tạo cụm di tích đền Phù Đổng do UBND huyện Gia Lâm làm chủ đầu tư, được phê duyệt các hạng mục: Đình Hạ Mã, cụm đền Thượng gồm (thủy đình, giếng gạch, kè ao sau đền), chùa Kiến Sơ (Tam quan, Kè ao), cụm đền Hạ (Nhà Mẫu, nhà Từ đền, kè ao trước đền), Miếu Ban gồm (Cổng miếu Ban, miếu Ban, kè ao miếu Ban), sơn thếp (đền Thượng, Đền Hạ, Miếu Ban) và hạ tầng, hệ thống chiếu sáng trong và ngoài nhà, phòng cháy chữa cháy.
Tuy nhiên, hai bức chạm nghệ thuật thế kỷ 17-18 hai bên bậu cửa và chấn song cửa sổ đã sơn đỏ, thếp vàng không được UBND huyện Gia Lâm phê duyệt. Điều này được ghi nhận trong biên bản làm việc của các cơ quan chức năng.